韦尔纳曾就读于柏林工业大学土木工程专业和德国
达姆施塔特工业大学，于1985年毕业。在日本
工作研究地震安全一段时间后，返回德国作了工程顾问。于1990年在达姆施塔特工业大学担任教授一职。
自担任DLR主席以来，韦尔纳推动了欧洲在美国国家航空航天局（NASA）
“猎户座”飞船项目中发挥的作用。在韦尔纳的努力下，ESA和NASA同意“猎户座”于2017年进行的飞行试验中使用欧洲的
推进器和能源模块。
韦尔纳还推动了法国牵头的“阿里安”火箭项目，并促使DLR与美国
内华达山脉公司签订协议，共同致力于“追梦者”号
航天飞机的工作。
2015年7月，欧洲航天局（ESA）新任局长约翰·迪特里希·韦尔纳上任。这位德国航天局前任掌门直接掌握着44亿欧元的ESA年度预算，是ESA所有事务的总负责人。欧洲的新观测、气象、通讯和导航卫星，
国际空间站的宇航员，火星、水星和木星任务以及让探测器悄无声息地在彗星上着陆，所有这一切都归韦尔纳管。
上任之后，他提出提议全球合作建月球村，他说“我们应着眼于未来，将眼光放到国际空间站之外，”韦尔纳在接受采访时说，“我们应该找个更小的
近地轨道航天器来进行失重研究。我提议应该在
月球背面建个月球村。”