长期维生素摄入不足，因Crohn病、腹腔疾病等导致的维生素B6吸收障碍，长期应用某些药物（如异烟肼、青霉胺、肼屈嗪、避孕药、苯乙肼和
环丝氨酸），尿毒症，肝硬化，酗酒等都可导致维生素B6缺乏症。
维生素B6缺乏症的
皮肤损害主要表现为
脂溢性皮炎样、结膜炎、口炎和舌炎。可有前额
痤疮样皮疹，颈项、前臂和膝部有癞皮病样色素沉着，身体皱褶部位和女性乳房可有皮肤擦烂。
血液系统可见
铁粒幼细胞贫血，神经系统症状包括
周围神经病变、
精神错乱、癫痫发作等，全身症状可见食欲缺乏、恶心、呕吐、虚弱、体重下降、抑郁、头晕、易激惹等。婴儿可出现抽搐，腹泻、贫血和
癫痫发作是婴儿和儿童维生素B6缺乏的特征。
维生素B6缺乏症应同其他因素导致的贫血、发育障碍、抽搐、智力障碍进行鉴别，主要通过维生素B6相关的实验室检查进行排除诊断，实验室检查如不提示维生素B6缺乏即应考虑前述疾病由其他因素导致。
对于因Crohn病、腹腔疾病、尿毒症及肝硬化等疾病导致的维生素B6缺乏应积极治疗相关疾病，去除病因；同时，可通过口服维生素B6制剂、饮食调节等摄入适量维生素B6，癫痫患者每天静脉给药，维生素B6依赖症需终身服药。