联寇抗清指的是南明时期弘光政权被灭后，开始采取联合各地农民军一起抗清的事情。

由于弘光朝廷的一味退缩，使得清廷乘机在关内站稳了脚根。多尔衮决策分兵两路征服中国。具体部署是：一路由英亲王阿济格、平西王吴三桂、智顺王尚可喜等统兵取道山西北部和内蒙古进攻陕北，得手后向南推进，摧毁以西安为中心的大顺政权；另一路由豫亲王多铎、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明等率领南下，消灭弘光政权。

弘光政权地域辽阔，物产丰盈，兵员及后备力量最大，结果却为“联虏平寇”方针所葬送，数十万官军叛降清朝，反过来为满洲贵族征服南方各地效犬马之劳。隆武以后，朝廷改变方针，由“联虏平寇”转为联合农民军共同抗清。

而清朝统治者同“关内”各种势力进行争夺，频繁的战争造成大量的人民流离失所，衣食无着。于是在中国很多地区出现了众多农民军的情况，这些农民军为了自己的生存而进行了大规模的反抗清朝活动，他们或单独抗击清朝，或联合南明势力进行反抗清朝。

大顺军在山海关战役中是在同吴三桂部激战了两天之后才被清军主力击败的，兵力收缩到陕西一带迎战阿济格一路兵马，胜负还不知。当时李自成已经得到了清军将进犯陕北的情报，在陕北地区镇守延安的有大顺政权所封亳侯李过（改名李锦），镇守榆林的是高一功，他们都是李自成的亲信，兵力相当可观。李自成计划在陕北打一个大胜仗，狠煞清军威风。因此，亲自率领大批精兵猛将由西安源源北上。《洛川县志》记载：“自成遣其部伪侯刘、贺、辜、高等来援。已而，自成亲至，率伪汝侯刘宗敏踞洛浃旬。”《白水县志》也记载：“清顺治元年冬十二月，贼闯自同州逾白（水），北趋延安逆战。未几，复自延安逾白（水）趋同（州）。”这证明，在甲申之冬，李自成统领西安地区的大顺军主力取道同州（今陕西大荔县）、白水，一直进到洛川，离延安已经不远了。如果清方战略计划没有发生变化，那么，李自成、刘宗敏指挥大顺军主力和李过、高一功部陕北驻军同阿济格部清军决战，胜负尚在未定之天。阿济格部一旦战败，大顺军势必乘胜追击，华北局势就将改观。

然而，就在这个关键时刻清廷改变了多铎部的进军方向，原因是驻守山西平阳（今临汾）和河南西部的大顺军向河南怀庆地区发动了反攻，并且取得了胜利。大顺军的怀庆战役是在清廷命将出师以前部署的。十月初四日，山西垣曲大顺军马、步二万余人已经向东推进；同日在河南兰阳（今兰考县）又出现一支大顺军队伍带有“许多旗帜、马匹欲渡未渡”，有渡河进攻铜瓦厢（由于黄河改道，现铜瓦厢在黄河南岸东面）的迹象。十月初六日，清河南巡抚罗绣锦向朝廷发出了紧急求派援兵的奏疏，其中说：“该臣看得西贼盘踞垣曲，渐至济源、狐岭，各路分贼狡诈多端。怀属地方正冲两路，而潞安（今山西长治市）一股直抵彰属（指彰德府，府治在今河南安阳市），均可虑也。臣已分调守卫（指卫辉府，府治在今河南汲县）之卒以接应，又报南岸贼兵沿河窥渡。伏乞敕部将臣前请大兵速催马兵兼程前来协力扫荡，而战守俱有赖矣。”同月十五日罗绣锦又向清廷发出“为紧急塘报事”启本，说：“马贼一万有余，步贼二万有余，后未到者还有五六万，要克取怀（庆）、卫（辉）等府，见今离怀三十里外扎营。贼之狡谋，其意不止在怀属，而意欲占据河口。况大河以南，尚有贼氛，万一通联，势所难图。伏乞亟敕兵部，速催大兵星夜兼程前来，以济救援。”

怀庆战役从十月十二日开始，大顺军连续攻克济源、孟县，清怀庆总兵金玉和领兵出战，在柏香镇几乎全军覆没，金玉和与副将常鼎、参将陈国才等均被击毙。大顺军乘胜进攻怀庆府治沁阳县，清卫辉总兵祖可法连夜带领军队进入沁阳固守待援。消息传到北京，多尔衮大为震惊。他认识到如果让多铎按原定计划统军下江南，畿辅、山西、河南的防守兵力严重不足，后果不堪设想。因此，他立即下令多铎改变进军方向，由南下转为西进，先解沁阳之围，然后进攻潼关，打开入陕门户，同阿济格部清军南北合击大顺军。上引《洛川县志》记载李自成、刘宗敏统领大军北上，走到洛川时忽然停留了整整十天，惟一可以解释的原因就是已经得到多铎部清军向潼关推进的消息。在北面和东面都出现强敌压境的情况下，大顺军领导集团立刻陷于左右为难的被动地位。李自成只好顿兵不进，等待进一步的消息，何方吃紧即率主力驰向何方。这说明，大顺军发动的怀庆战役虽然取得了局部的胜利，却改变了整个战略态势，把两路清军主力都吸引到自己方面来了。

多铎部清军暂缓南下，使南京的弘光朝廷得以继续苟延残喘，其统治集团的决策人物如朱由崧、马士英等侥幸图存和敌视农民军则暴露得淋漓尽致。在阿济格、多铎两大主力全部投向陕西战场同大顺政权一决雌雄的时候，清廷在畿辅、山东、豫东部署的兵力相当有限，只留下肃亲王豪格带领为数不多的军队扼守黄河。甲申、乙酉（1644—1645）之交，多铎部同大顺军展开潼关战役时，南明河南总兵许定国驻守于睢州，私下派人同清方接洽投降事宜，豪格回信让他把儿子送来充当人质，而对于许定国要求派清军过河接应则以“未奉旨意”加以拒绝。这不仅证明豪格所部清军数量不多，而且说明清廷实权人物多尔衮也深知自己在整个华北地区兵力单薄，不敢轻举妄动，以免同南明军队发生正面冲突。

当时有大臣建议“建州精骑尽往征闯，北直、山东一带皆单虚”，江西总督袁继咸也上疏说：“闯为虏败，虽可喜，实可惧。虏未及谋我者闯在耳。闯灭，非江南谁事？”王永吉、袁继咸的奏疏都是在清军击败大顺军、占领西安以后，主张趁清军主力仍在陕西的时机派军北上。就战略而言已经迟了一步，但毕竟提出了积极防清是当务之急。可是，大学士马士英、史可法惟恐出兵黄河流域收取山东等地，将触怒清廷，引火烧身。按兵不动，让清廷得以集中兵力打败大顺军，控制区扩大到整个北方。多尔衮等清廷决策者敢于在几个月时间里把几乎全部主力投入西北一隅，正是依据各方情报，估计到弘光朝廷不会有什么动作。东线无战事，给满洲贵族提供了利用汉族内部纷争各个击破的大好机会。弘光朝廷愚不可及地推行消极避战的“借虏平寇”政策，直接导致了自身的覆亡。

潼关战役和多铎部清军占领西安以后，农民军受到重创。李过、高一功等大顺军旧部为了同李自成统率的主力会师，采取的路线是由陕西汉中入蜀，顺长江东下湖北。不料，镇守汉中地区的大顺军旧部贺珍、罗岱、党孟安、郭登先四将却已变节降清，公然动武阻击李过、高一功等部大顺军过境。经过一翻激烈的战斗，李过、高一功等部终于冲破了贺珍等的防区，由汉中南下四川太平、东乡、达州、夔州等处，然后顺江东下，在1645 年夏抵达湖北省荆州地区。这就是大顺军放弃西北向南撤退的西路军。从清军进攻陕西开始，李自成同李过、高一功等就再也没有见过面。从后来的情况看，李自成、刘宗敏统率的大顺军主力（即东路军）遭到阿济格部穷追猛打，领袖人物牺牲，实力损失很大，部下余众各奔前程，有的降清（如王体忠等），有的依附南明何腾蛟（如郝摇旗），有的孤军作战（如刘体纯），有的转入李过、高一功部下；而李过、高一功领导的经四川入湖广的部队却成了后期大顺军联明抗清的主力。

1645年正月下旬到三月中旬，李自成亲自统率的大顺军集中在河南省西南部地区。

大顺军在连续遭到清军重创后，实力损失很大，士气低落，为东下南京而准备的几万条船只也被清军缴获，兼之多铎部清军已从河南归德（今商丘）、安徽泗州直趋南京，原先的战略意图已经无法实现。他不得不改变进军方向，准备穿过江西西北部转入湖南。五月初，李自成行至湖北通山县九宫山下，突然遭到当地地主武装的袭击。当时跟随在他身边的只有义子张鼐和二十余名士卒，当地团练不知道这就是大顺军，更不知道李自成就在这二十余人之中，就一拥而上。混战当中，李自成和随从侍卫被击杀。李自成的牺牲标志着大顺政权的最终覆灭，大顺军余部从此在联明抗清斗争中揭开了新的篇章。

南京弘光朝廷在多铎统领的清军面前几乎毫无抵抗就土崩瓦解了。南明原来拥兵自重的江北四镇和左梦庚部军队都争先恐后地向清军投降。这种离奇的现象，对各方面都产生了极大的影响。大顺农民军元气大损，陷于群龙无首的境地，不再扮演逐鹿中原的主角。

形势万分危急之际，大顺农民军余部出现在抗清斗争最前线，挽救了危局。自李自成于1645年战死于九宫山后，他的余部分为二支，分别由郝摇旗、刘体纯和李过、高一功率领，先后进入湖南与明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联合抗清。1647年，郝摇旗部护卫逃来广西的永历帝居柳州，并出击桂林。年底，大败清军于全州，进入湖南。次年，大顺军余部又同何腾蛟、瞿式耜的部队一起，在湖南连连取得胜利，几乎收复了湖南全境。这时，广东、四川等地的抗清斗争再起，清江西提督金声桓、清广东提督李成栋、清广西巡抚耿献忠、清大同总兵姜镶、清延安营参将王永强、清甘州副将米喇印先后反正回归明朝，清军后方的抗清力量也发动了广泛的攻势。一时间，永历政权名义控制的区域扩大到了云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省，还包括北方山西、陕西、甘肃三省一部以及东南福建和浙江两省的沿海岛屿，出现了南明时期第一次抗清斗争的高潮。

但永历政权内部仍然矛盾重重，各派政治势力互相攻讦，农民军也倍受排挤打击，不能团结对敌，这就给了清军以喘息之机。1649—1650年，何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘杀害，清军重新占领湖南、广西；其他刚刚收复的失地也相继丢掉了。不久，李过之子李来亨等农民军将领率部脱离南明政府，转移到巴东荆襄地区组成夔东十三家军，独立抗清。这支部队一直坚持到1664年。

综观1645-1651年间，南明军与清军作战中，败多胜少，大批南明的军队先后降清。先后丢失了江苏、安徽、浙江、江西、福建、两广、两湖等地，地盘尽失。直到以孙可望为主的大西军加入，再次改变了整个局势。

张献忠于1646年战死后，以其义子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等人为主的大西军残部自1647年进占云南、贵州两省。1652年，南明永历政权接受孙可望和李定国的建议联合抗清建议，定都安龙所。不久，以大西军余部为主体的南明军对清军展开了全面反击。李定国率军8万东出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得桂林大捷，击毙清定南王孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡阳大捷，击毙清敬谨亲王尼堪，天下震动。同时，刘文秀亦出击四川，取得叙州大捷、停溪大捷，克复川南、川东。孙可望也亲自率军在湖南取得辰州大捷。东南沿海的张煌言、郑成功等的抗清军队也乘机发动攻势，接连取得磁灶大捷、钱山大捷、小盈岭大捷、江东桥大捷、崇武大捷、海澄大捷的一连串胜利，并接受了永历封号。一时间，永历政权名义控制的区域恢复到了云南、贵州、广西三省全部，湖南、四川两省大部，广东、江西、福建、湖北四省一部，出现了南明时期第二次抗清斗争的高潮。

之后，刘文秀于四川用兵失利，在保宁战役中被吴三桂侥幸取胜。而孙可望妒嫉李定国桂林、衡州大捷之大功，逼走李定国，自己统兵却在宝庆战役中失利。东南沿海的郑成功也在漳州战役中失利。所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。之后李定国与郑成功联络，于1653年、1654年率军两次进军广东，约定与郑会师广州，一举收复广东，但郑军屡误约期，加上瘟疫流行，导致肇庆战役和新会战役没能成功。但郑成功部队并没有闲着，1656年，郑军取得泉州大捷，1657年又取得护国岭大捷。

1656年（永历十年），孙可望秘谋篡位，引发了南明内部一场内讧，李定国拥永历帝至云南，次年大败孙可望，孙可望势穷降清。孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷，云贵虚实尽为清军所知。1658年（永历十二年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州。年底吴三桂攻入云南，次年正月，下昆明，进入云南，永历帝狼狈西奔，磨盘山血战。这时郑成功趁清军主力大举攻击西南之际，率领十余万大军北伐，接连取得定海关大捷、瓜州大捷、镇江大捷的胜利，一度兵临南京城下，然而郑军中了清军缓兵之计，最终失败，撤回厦门。清军派大军围攻厦门，企图一举歼灭郑成功，但郑成功沉着应战，取得厦门大捷的胜利，稳定了东南沿海局势。1661年（永历十五年），吴三桂率清军入缅，索求永历帝，十二月缅甸国王将永历交于清军，次年四月永历帝与其子等被吴三桂处死于昆明。七月，李定国在真腊得知永历帝死讯，亦忧愤而死。而同年五月，郑成功亦于台湾急病而亡。

永历帝被害后，中国较大规模抗清活动就只有夔东十三家与郑成功在台澎金厦。1662年清军开始对其进行绞杀，1664年，夔东十三家军抗清失败，首领李来亨全家自焚，大明王朝在大陆地区的抵抗运动结束。

农民军和封建政权能够走到一起抵抗清军，它反映了南明有识之士已经看到国内民族矛盾上升为主要矛盾这一客观事实。南明军与大顺军的合作，虽然使抗清力量增强了不少，但是联寇抗清还是失败，一个原因是南明政权政治腐败和政权内部不和，南明隆武至永历朝廷中的官绅大多数是把联合农民军作为权宜之计，内心里往往对农民军深怀敌意，私下甚至在某些公开场合仍斥之为“贼”。每当形势危急之时，他们把农民军推到第一线，喘息方定就以种种借口支开农民军。有限的财力都用于培植杂牌“官军”和召募“亲兵”。使清军有逐一击破的机会。同时缺乏一个有系统的抗清计划。拥立南明君主的人如马士英、阮大铖、孙可望、郑芝龙之流，其所以拥立君主完全是出于个人的利益。他们争权夺利，苛敛于民，对于战况的危急根本漠不关心。