大约10%的患者可发展为慢性排斥反应，亦称胆管消失综合征（vanishing bile duct sydrome，VBDS）、慢性同种移植肝排斥反应。其特点是进行性胆汁淤积、胆红素增高、碱性磷酸酶升高，白蛋白和凝血酶原时间可正常。移植肝常增大变硬，但罕见门脉高压。肝病理表现为叶间胆管破坏、进行性纤维增生、汇管区细胞浸润消失、血管内膜纤维化及有时可见泡沫细胞。VBDS几乎不可逆转。需要重新肝移植。

迄今尚未见典型的肝移植超急性排斥反应。但尽管使用免疫抑制剂，仍有约60%的患者至少发生一次急性排斥反应。急性排斥反应通常发生在术后第1~6周。但也可发生在术后2~3天或6周以后。排斥反应的早期临床表现包括发热、乏力、嗜睡、食欲不振、肝区压痛、腹水增加；胆汁引流可见胆汁变稀薄、色变浅、量减少；血液生化见胆红素升高、转氨酶和碱性磷酸酶升高，外周血和移植肝嗜酸性细胞及淋巴细胞增多。血清Neopterin、sIL-2受体、鸟嘌呤脱氢酶、淀粉样A蛋白和a-微球蛋白增加。以胆红素最为敏感。经皮肝活检可确诊。组织学特征为汇管区炎细胞浸润、叶间胆管上皮异常、汇管区和/或中央静脉内膜炎。

预防和治疗肝移植排斥反应需应用免疫抑制剂。其作用在于抑制细胞介导的免疫反应。抑制细胞毒T淋巴细胞，抑制细胞因子基因活性（IL-1，IL-2，IL-3，IL-4，TNF-a）。免疫抑制剂包括环胞素A，皮质类固醇（氢化考的松、强的松、强的松龙、甲基强的松龙）。FK506（tacrolimus）、骁悉（霉酚酸酯，mycophenolate mofetil，MMF）及单抗OKT3（muromonab CD3，ortholone）等。方案须个体化。

移植术中常用甲基强的松龙250～500mg，一次性静脉注射，术后逐步减量，维持量20～25mg。急性排异反应时可用500～1000mg/d，静脉注射，冲击治疗3天后逐步减药，一个月后渐减至维持量。

环胞素A常与肾上腺糖皮质激素及/或硫唑嘌呤联合使用。环胞素A的静脉剂量为1～6mg/kg/d；口服为8～15mg/kg/d。硫唑嘌呤为1～3mg/d。甲基强的松龙为0.5～2.0mg/kg/d。抗淋巴细胞抗体血清5mg/kg/d。环胞素A的全血浓度为50～800ng/ml或血浆浓度为50～300ng/ml时疗效显著并不良反应最少。

FK506近年已应用于临床。一般首次剂量为0.15mg/kg，此后改为0.075mg/kg。12小时静滴1次。1～2小时滴完，2～3天后改为口服，剂量为0.3mg/kg/d，分1～2次。可与甲基泼尼松合用10mg/d，静注或泼尼松龙20mg/kg/d，静注。FK506的维持剂量为5~200mg/d。