肠相关淋巴组织就是和肠组织相关联的淋巴组织，通常在腹腔和腹股沟区域。肠相关淋巴组织可大致分为组织性淋巴样组织及散在于整个肠壁中的淋巴细胞，前者包括Peyer，S节、孤立淋巴滤泡和肠系膜淋巴结，后者主要是指散在于黏膜固有层及上皮细胞层内的淋巴细胞，Hearley等人还提出了腔内淋巴细胞，它们可能形成另一类功能性免疫细胞种群。

GALT富含淋巴细胞，主要分布于淋巴结、固有层和肠上皮细胞间。固有层中CD4+与CD8+淋巴细胞的比例与其在周围器官比例相似，固有层中的T细胞都表达TCRαβ，这些细胞在抗原刺激后仅能产生很弱的增殖过程，但却能分泌大量的细胞因子，如 INF-γ、IL-4和IL-5等。表明这类淋巴细胞是受到持续抗原刺激，多为晚期分化的效应细胞。IEL散布于肠上皮细胞间，80%以上为CD8+T细胞，其中相当数量为TCRγδT细胞。IEL可能需经特殊途径活化或 IEL已是充分分化的效应细胞。

GAL具有紧邻各种抗原的特点，IEL是机体中最接近抗原的淋巴细胞，Peyer淋巴结是T细胞和B细胞发生初始免疫应答的主要场所之一，淋巴结上由一层各种上皮细胞组成的上皮层与肠腔相隔。在上皮细胞中，有微皱壁细胞（M细胞），其功能是摄取抗原并将抗原转移给 Pper淋巴结中抗原递呈细胞（APC）。

GAL中有多种抗原递呈细胞，包括大量的非专职APC的肠上皮细胞，以及专职APC如DC、巨噬细胞、B细胞等。

肠上皮是一些T细胞胸腺外分化场所。在一些动物模型中如棵鼠、β2微球蛋白基因剔除（KO）鼠中，都有TCRγδ IEL的存在。另外，有证据表明，粘膜亦是前淋巴细胞来源之一。在鼠的大、小肠粘膜中分布了大约1500左右个隐淋巴结（cryptopathch），该种淋巴结是由大量的CD3-4-8-SIg-IL－7R+ c－kit+淋巴细胞聚集而成，细胞具有相对高的增殖能力，有早期T细胞的标志。

GAL组织解剖学上的特点，使之既能抵御病原体的侵袭，又能避免对食物抗原和共生微生物发生免疫应答，同时也为诱导口服耐受，具备了条件。