自然保护区管理机构是政府为管理自然保护区而设立的专门机构。我国法律规定，自然保护区属于事业单位，应当建立管理机构进行专门管理。

国家级自然保护区设自然保护区管理处或局，市、县级自然保护区设自然保护区管理站，配备必要的管理人员和科学技术人员。

自然保护区管理机构的主要职责是：①贯彻执行国家有关自然保护的方针、政策和法规；②对保护区的自然环境和自然资源，进行资源考察，建立资源档案；③制定规章制度，统一管理区内的各项活动；④开展科学研究和自然保护宣传教育工作；⑤协助地方政府安排好区内居民的生产和生活；⑥在保护好环境资源的前提下，进行合理的经营活动。