童年就读私塾，通读“五经”、“四书”，深受乡里器重，族中长辈都叫他大学生。1916年苑崇谷19岁时，弃文就武，投身于
东北军炮兵团，不久，到东北讲武堂(四期)炮科学习。由于学习钻研，成绩优异，深得张学良及炮兵司令
邹作华的赏识。毕业后，历任炮兵排、连、营长和炮兵司令部中校副官长，上校炮兵团长，东北炮兵教导总队长等职。1929年，炮兵教导总队改编为辽宁兴安屯垦军，他为屯垦军统带(即旅长)，防区在
洮南、洮安北、
白城子一带，司令部设在葛根王爷喇嘛庙。
1931年9月18日，日本侵略军对东北发动侵略战争，不到1个月，辽、吉两省已先后沦陷，一些军政要员相继叛国投敌。日本侵略者诱惑洮辽
镇守使张海鹏，许以黑龙江省主席之称，令作前驱，进军黑龙江省，张甘为傀儡。10月12日，日军自四洮路运抵洮南军械四列车，交张海鹏使用，并给日币10万元，以为收买匪军之用。10月14日，兴安屯恳军苑崇谷部与投敌叛军张海鹏部下发生冲突，苑率部向黑龙江省撤退，投奔
马占山共同抗战。兴安屯垦军改编为黑龙江新编步兵第一旅，苑崇谷为旅长。
11月4日拂晓，
江桥抗战打响。苑崇谷部驻守三间房阵地，苑是江桥和三间房一带总指挥。11月12日午后2时许，敌人以7千人的兵力，分3路向三间房阵地进攻，并有十余架飞机，向苑部阵地投弹，战壕多处被毁。但驻守三问房阵地的苑崇谷、
张殿九、吴淞林各部，英勇顽强，血战到午后6时，敌人退却。17日拂晓，敌军复进攻三间房阵地，战事非常激烈。是日，敌增兵3万余众，由多门亲自指挥，分3路向三间房主阵地进攻。1路以长谷旅长，旅顺炮兵联队，约4万余人攻阵地正面，以骑兵扰左右翼。苑崇谷部及兰旅二团李少峰部，约3千余兵力迎敌。敌步兵主力攻三间房，连续猛扑10余次，均被苑部击退。这两次战斗，双方伤亡惨重。
苑崇谷率部在三间房阵地，浴血奋战十几个昼夜，几乎全歼滨本联队，伪高波骑兵队也死伤殆尽。后因后续无援，不得已于11月18日撤退。11月23日旅部和第二团退到拜泉，第一团退到明水，第三团退到
克山、克东，重整旗鼓，扩充兵源，抓紧训练，准备继续抗战。
日军占领省城齐齐哈尔后，采取了诱降攻势，在汉奸
韩云阶、赵仲仁等游说下，
马占山竟然妥协，赴沈阳参加会议。2月23日，回齐齐哈尔就任伪省长。
1929 年任屯垦军旅长，驻防洗南、白城子一带。“九一八”事变后，苑崇谷率兴安屯垦军所部向黑龙江撤退，江桥抗战时改编为黑龙江新编步兵第一旅，苑崇谷任旅长，为三间房防线总指挥。1950年去香港，后不知所踪。
苑崇谷从1932－1948年，历任国民党有职无权的军职，受尽冷遇，随国民党政府东奔西跑，领职薪俸，借以维持生活。在国民党政府接收北平时，他冒领日本敌产，蒋介石得知后电令严惩，被捕入狱，判处5年徒刑。在
北平和平解放前夕，傅作义将他释放，这时他对国民党已失去信心，对共产党还缺乏正确认识。