建元二十一年（385年），苻丕即位为皇帝，册封苻懿为渤海王。
太安二年（386年），前秦丞相王永被
西燕主
慕容永打败后，苻丕率军前往东垣，遭
东晋扬威将军
冯该截杀。前秦尚书
寇遗保护苻懿及弟弟济北王
苻昶到远房堂兄南安王
苻登所控制地区。苻登起初提议拥护苻懿继位，但苻登被大部分部下拥立为皇帝。南安王苻登即皇帝位，改元太初。于是加封
苻纂为鲁王、太师、使持节、都督中外诸军事，兼大司马。苻纂大怒，质问使者：“渤海王苻懿是世祖（
苻坚）之孙，先帝（
苻丕）之子，南安王苻登为什么不拥立他而自己登上大位？”苻纂的长史
王旅劝谏道：“南安王苻登已继大统，按道理不能再改变了，如今贼寇未灭，宗室内部不可自相残杀，明公当以大局为重，效仿当年光武帝（
刘秀）推崇圣公（
刘玄）之义，待消灭二虏（
姚苌、
慕容垂），再从长计议皇位之事。”于是苻纂接受苻登的任命。
太初三年（388年），皇太弟苻懿病逝，谥号献哀皇太弟。