《蒙古学百科全书》是蒙古学各学科知识的总汇，是概述古今中外蒙古学基本理论、基本概念、基本知识的综合性工具书，是学习、了解、深入研究蒙古学的一部传世经典。分为20个学科卷：古代史卷、近现代史卷、语言文字卷、文学卷、经济卷、军事卷、科技卷、医学卷、教育卷、民俗卷、哲学卷、宗教卷、文献卷、法学卷、地理卷、艺术卷、体育卷、文物考古卷、新闻出版卷和国际蒙古学卷。全面反映蒙古民族和蒙古地区
历史文化遗产的各方面内容，反映古今中外蒙古学各学科的研究成果。是进入蒙古学各学科领域并向纵深进行研究的桥梁和阶梯。
蒙古学是一门国际性学科，是研究蒙古民族
人文社会科学和自然科学领域历史发展及其现状的一门综合性学科。蒙古民族是我国统一的多民族大家庭中的一个重要成员。蒙古民族在近千年的历史发展进程中，在人类历史上谱写了一部无与伦比的波澜壮阔的历史篇章。一代天骄成吉思汗结束了蒙古高原数千年的不稳定的局面，凝聚成了草原统一的民族共同体—蒙古民族；从而使蒙古民族成为我国古代北方游牧民族历史文化的继承者和发扬者，成为草原文化的典型代表之一，在我国历史文化乃至人类历史文化中占有非常重要的地位。蒙古民族在她的历史进程中，不仅继承和发展了蒙古高原固有的草原文化和游牧文明，而且吸纳了国内外众多民族的文化和文明，使蒙古民族的文化内涵极为丰富，成为国内外研究草原文化和游牧文明的宝库。蒙古民族的悠久历史、灿烂的文化和独特的经济形态，引起了世界各国史学界的高度重视和广泛关注，有许多国家特别重视对蒙古民族的研究，逐渐形成了一门国际性学科—蒙古学。现在世界上有50多个国家和地区在研究蒙古学。1959年，在蒙古人民共和国首府乌兰巴托召开了首届国际蒙古学学者大会，1987年成立了国际蒙古学学者协会，得到
联合国教科文组织的支持和赞助。我国是世界上蒙古族人口最多的一个国家，蒙古民族与汉族及其他少数民族有着悠久的密不可分的联系。这不仅是因为蒙古民族是中亚草原民族序列的集大成者，而且她的先民曾经创造了较之任何文明都不逊色的古代文明，其文化遗产极为丰富，中国学者有责任、有条件在蒙古学研究方面发挥更大的作用。随着蒙古学研究的不断深入和发展，国内外蒙古学界都希望由中国方面编纂出版一部全面包括蒙古学知识、系统反映蒙古学研究成果的大型工具书。1987年，在新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐召开的内蒙古、黑龙江、吉林、辽宁、新疆、青海、甘肃、河北的八省区蒙古语文协作会议上，与会者提出编纂出版《蒙古学百科全书》的意见和要求。八省区蒙古语文协作领导小组，根据与会者的意见和要求，召开会议正式决定编纂出版《蒙古学百科全书》。当时由于种种原因，未能及时启动，至时隔近10年的1997年，适逢内蒙古自治区成立50周年之际，时任全国政协常委、内蒙古自治区人大常委会原主任、八省区蒙古语文协作领导小组组长的巴图巴根同志，先后向中共内蒙古自治区委员会宣传部、中共内蒙古自治区委员会提交了编纂出版《蒙古学百科全书》的书面报告。1998年4月中共内蒙古自治区委员会专门下发文件，同意编纂出版《蒙古学百科全书》。同年成立了以内蒙古自治区党委副书记乌云其木格为主任，自治区人大常委会原主任、全国政协常委巴图巴根、内蒙古自治区党委常委、宣传部长张国民、自治区副主席宝音德力格尔为副主任的编委会。编委会成员由一些著名专家学者及有关部门的领导组成。编委会下设总编辑委员会，设总编一人，副总编若干人。总编由巴图巴根兼任，常务副总编由内蒙古大学原校长特布信教授担任，宝彦等副总编负责日常编务工作。2006年7月，经批准增补内蒙古自治区人大常委会副主任王凤岐为常务副总编。2007年3月又增补白音德力海、巴达拉呼为副总编辑。总编委员会下设20个学科分编委会，由300余名教授、副教授、研究员、副研究员组成，涉及到的工作人员超过1000人。
《蒙古学百科全书》（以下简称“全书”）定为20个学科卷，即：古代史卷、近现代史卷、语言文字卷、文学卷、经济卷、军事卷、科技卷、医学卷、教育卷、民俗卷、哲学卷、宗教卷、文献卷、法学卷、地理卷、艺术卷、体育卷、文物考古卷、新闻出版卷和国际蒙古学卷。每卷篇幅以汉字计算约100—120万字（包括插图、索引）。参加编纂的专家学者以自治区区内的为主，区外乃至国外的一些著名学者也投入了有关学科卷的编纂工作。“全书”的编纂总体例为条目加概述文章，以条目为主，辅以概述文章。编纂条目及概述文章，坚持实事求是、客观公正的原则；对学术上有争议的问题，如实反映各家学说；所采用的材料精确可靠，有科学根据。“全书”力求全面反映蒙古民族和蒙古地区
历史文化遗产的各方面内容，反映古今中外蒙古学各学科（知识门类）的研究成果。编纂内容具有知识性、科学性、可读性。适于高中以上文化程度的读者阅读使用。“全书”作为工具书，是蒙古学学者从事研究工作的助手，也是蒙古学爱好者和初学者进入蒙古学各学科领域并向纵深进行研究的桥梁和阶梯。“全书”图文并茂，除文字叙述外，有相应的彩色和黑白插图。第一版按学科（知识门类）分类分卷出版，一个学科（知识门类）基本辑成一卷，少数学科将辑成两卷，成熟一卷，出版一卷，于2007年内蒙古自治区成立60周年前夕全部编纂完毕，并完成大部分的出版任务，为自治区成立60周年大庆献礼。
编纂出版“全书”是一项庞大的系统工程，是蒙古民族科学文化事业上的一块丰碑。编纂出版工作在自治区党委、政府的重视与关怀下，受到国家有关部门的全力支持与帮助。国家新闻出版总署将“全书”列为国家“九五”和“十五”重点图书出版计划；国家哲学社会科学规划办公室于2000年5月将“全书”作为国家重大科研项目予以立项；中国大百科全书两次派专家对编纂出版工作给予指导和帮助；并列为内蒙古自治区文化大区建设九大重点项目之一。中共内蒙古自治区委员会办公厅于2003年2月又专门下发文件，对“全书”的发行工作提出了具体要求；同年又下发文件，对出版经费不足的问题，“要积极采取多种形式，通过多种渠道进行社会筹资，以弥补经费缺口”，并指示“为降低成本，提高效益，蒙汉文版出版之后可根据条件译成英、俄、日等文出版”。遵照自治区党委的指示精神，为妥善解决这一浩大工程的连续性，在自治区有关部门的支持下，成立了内蒙古蒙古学百科全书基金会。基金会理事长由巴图巴根同志担任，常务副理事长由王凤岐同志担任。蒙古学百科全书基金会是具有独立法人资格的非盈利性的社会公募组织，其宗旨是为蒙古学百科全书的编纂、翻译、出版和修订、增补等后续工作筹集资金。