出身于闲院流藤原氏。父亲是正二位行权大纳言
藤原公实，母亲是左中弁藤原隆方之女、堀河鸟羽两代帝王的乳母光子。异母兄为太政大臣藤原实行(三条家祖)，同母兄姊有权中纳言藤原通季(西园寺家祖)、左大臣藤原实能(德大寺家祖)、大炊御门家藤原经实夫人公子(二条天皇外祖母)。
永久三年(1115年)左右，白河法皇曾提出让璋子与摄关家的嫡子
藤原忠通结亲。然而传闻璋子品行有亏（即与白河法皇私通事），忠通的父亲藤原忠实由此坚决推辞。白河法皇因此不悦。
永久五年（1117年）12月13日，藤原璋子入内嫁与养父白河法皇的孙子鸟羽天皇，四日后
女御宣下，叙从三位。一个月之后，永久6年(1118年)正月26日，
中宫宣下。身为
大纳言之女却成为皇后，自第67代
三条天皇朝的
藤原娍子于
长和元年二月宣下成为皇后以后，就只有藤原璋子而已，为此在将璋子宣下为中宫时，的确引起朝中一阵非议。
元永二年（1119）五月，生显仁亲王（即日后的75代
崇德天皇），鸟羽天皇还为此赦免了部分罪行较轻的犯人。
保安三年（1122）生长女
禧子内亲王。鸟羽天皇让位给崇德天皇于保安四年（1123）即位后，璋子也在第二年的天治元年(1124)11月24日被宣下院号，称待贤门院。
同年5月生二子通仁亲王，天治二年（1125）5月生三子君仁亲王，但这两位皇子在幼儿时期就有残疾。大治元年（1126年）7月，生幼女
统子内亲王（上西门院）。大治二年（1127）9月11日，生四子雅仁亲王（
后白河天皇）。大治四年（1129），生幼子本仁亲王（觉性法亲王）。璋子与鸟羽帝在白河院执政时还经常一同前往熊野神社参拜。
藤原璋子年幼时即在宫中成长，深受
鸟羽天皇之祖父——
白河天皇宠爱，时常将璋子抱在怀中，待璋子稍稍年长后，却和白河天皇传出了丑闻（但真实性颇受争议），传说鸟羽天皇和璋子之间的名义上的长子
崇德天皇就是与白河天皇所生，故被鸟羽天皇厌恶，称作叔父子（即相当于叔父的儿子）。
大治4年(1129年)7月7日，“执幼主三代之政”的白河院驾崩，享年77岁。此时，璋子正怀着将在闰七月出生的本仁亲王。养父白河院之死，使得璋子的人生发生了转变。鸟羽上皇开始执政，统率廷臣，重新起用被白河院罢免的
藤原忠实，不仅将忠实之女藤原泰子(高阳院)立为皇后，还宠爱藤原得子(美福门院)。璋子由此被鸟羽院疏远。
璋子所生的子女们命途多舛：通仁亲王、君仁亲王分别因病在六岁、十九岁时过早去世；2岁的
统子内亲王于大治二年出任
贺茂斋院，之后在
长承元年以病退职，而
禧子内亲王则接在妹妹统子内亲王之后，于长承元年10岁时被卜定为下任贺茂斋院；四子雅仁亲王被培养成“不文不武的游艺皇子”；而最年幼的本仁亲王甫一出生即被下令出家。就连长子
崇德天皇也在白河法皇崩御后，并在1142年被迫退位，好让宠妃美福门院之子—体仁亲王登基为76代
近卫天皇。
然而，在近卫天皇即位、得子册立皇后前后，被认为以得子为目标的诅咒事件（日吉社诅咒事件、广田社巫诅咒事件）相继被发现，关于璋子在背后操纵的传闻流传开来。另外，从这个时候开始，关于崇德院的身世传闻也在流传（这是只见于《古事谈》的记述，真伪不明）。由此，失去权势的璋子于康治元年(1142年)在
仁和寺法金刚院出家（因而又称仁和寺
女院），法名真如法。
三年后，久安元年(1145年)8月22日，璋子于长兄藤原实行的三条高仓邸驾崩，得年四十五岁。璋子临终之际，鸟羽院赶到三条高仓邸探望，一边击磬一边大声哭喊（《台记》同日条）。
璋子死后第10年的久寿2年(1155年)7月23日，近卫天皇在17岁时驾崩，雅仁亲王被指名为天皇(后白河天皇)。朝廷分裂为后白河天皇方和崇德上皇方，保元之乱由此爆发。