蛋白酶解（proteolysis）是指蛋白质在各种蛋白酶作用下降解成氨基酸的过程。

细胞内外蛋白质酶解作用的条件不同，细胞内是在中性和酸性pH值下进行，有关的组织蛋白酶主要定位在溶酶体内，可分为A，B，C，D，E和L几种，分子量在25 000(组织蛋白酶B)至100 000(组织蛋白酶E)，其中B，B2，C等是巯基酶。在完整细胞内蛋白质降解是受控制的，而且局限在溶酶体内(自体消化)；在损伤的细胞内，组织蛋白酶从破坏的溶酶体释放出来，导致自溶作用，是不受控制的过程。