国立西北医学院前身是成立于1912年10月26日的国立北京医学专门学校，是现西安交通大学医学部（原西安医科大学）、兰州大学医学部（原兰州医学院）共同的前身。

1912年10月26日，国立北京医学专门学校成立，这是中国政府举办的第一所国立西医学校。

1928年，更名为国立北平大学医学院。

1937年抗日战争全面爆发，平津沦陷；9月，国民政府教育部令国立北平大学、北平师范大学、北洋工学院迁移西安，为反抗日本侵略，延续学脉，师生西迁陕西，克服道远险阻，辗转数千里，冲破层层封锁，历经3月余抵达西安，组建西安临时大学，国立西安临时大学医学院在西安通济坊成立。学院在炮火中兴医办学，举步维艰；植根于三秦大地，砥砺前行，开创西北高等医学教育之先河。

1938年4月，教育部令国立西安临时大学改名为国立西北联合大学，简称西北联大，医学院和附属医院随之改名，并由西安迁往汉中。

1939年8月，国民政府行政院决定，改国立西北联合大学为国立西北大学，医学院独立设置，名为国立西北医学院。

1946年8月，教育部电令西北医学院与西北大学合并，更名为国立西北大学医学院，由汉中迁至西安崇礼路（现西五路157号）。

1950年4月，中央人民政府教育部决定西北大学医学院独立设置，改为西北医学院。

1956年，改称西安医学院。

1985年，经教育部批准，西安医学院更名为西安医科大学。

2000年4月，国务院将原西安医科大学、原陕西财经学院与原西安交通大学合并组建新的西安交通大学；西安医科大学更名为西安交通大学医学院。

2012年6月，根据教育部关于医学教育改革文件精神，组建西安交通大学医学部。

1942年4月，经国民政府批准，以甘肃学院医学专修科为基础，组建了“国立西北医学专科学校”。

1945年初夏，将国立西北医学专科学校并入“国立西北医学院兰州分院”。

1946年并入国立兰州大学。

1949年，新中国成立，取消“国立”字号，改为“兰州大学医学院”。

1954年9月1日，为响应国家大力培养专业技术人员的号召，医学院分出独立建院，成立兰州医学院，并迁入兰州市东岗西路新址。

2004年11月18日，经国家教育部和甘肃省政府批准，兰州医学院并入兰州大学，组建新的兰州大学。

2014年，为理顺医学教育管理体制，促进医学教育事业科学发展，根据国家教育部要求，学校组建了兰州大学医学院。

2019年，兰州大学医学院更名为兰州大学医学部。