巴渝学者特聘教授1人，农业部有突出贡献的中青年专家1人，
国务院特殊津贴获得者1人。本所自成立以来，始终重视学风和人才队伍的建设，坚持严格的管理、严谨的学风、活跃的思想和团结的作风。形成了恪守科学道德、脚踏实地、埋头苦干、勇于创新、积极进取的良好学术氛围，建立起了一支以青年为主体、献身科研、组配合理的稳定研究队伍。
研究所主要开展优质高产抗逆杂交水稻育种理论与方法创新、新材料创造、新品种选育。在新材料创造和品种选育上，利用重庆市高温伏旱这一特殊的生态选择压，创造优良恢复系、不育系，选育适合于高温伏旱的优质高产抗逆杂交水稻新品种。在杂种优势机理上，开展植物雄性不育新机理研究，探讨利用增效座位预测杂种优势的分子模型。在有利基因的定位克隆上，收集、筛选、创造一批有重要利用价值的突变体材料，开展有利基因的遗传、定位、克隆、功能分析、利用研究。在基因工程育种上，以作物品质和抗病抗逆性状为重点，研究相关基因的功能，构建高效和特异性表达的表达载体，通过转基因手段定向改良农作物，获得在品质、抗性和经济效应等方面有重大突破的新品种或新材料。
研究所具备进行基因定位、克隆、功能分析、遗传转化等研究所需的主要仪器设备，具备从事水稻新材料创造和新品种选育的试验基地50亩，具有新品种推广、试验示范的种业企业，形成了产——学——研相结合的创新体系。
近五年来，水稻研究所获得863课题3项，
国家自然科学基金课题3项，重庆市课题10余项，获准经费总额超过一千万元。创造恢复系6个、不育系2个。选育新品种3个通过国家审定（
西农优1号、西农优30、
富优1号），8个品种通过重庆市审定，其中富优1号通过了长江上游、下游、武陵山区三个片区的国家审定，是重庆市第第一个通过国家审定的品种，也是重庆市目前为止唯一一个通过三个片区的国家审定品种，西农优30号是重庆市第一个达到国家二级优质米的国审品种。在国内外重要学术期刊上发表论文100余篇。