西南大学蚕学与系统生物学研究所是由1993年批准成立的农业部蚕桑学重点实验室以及2000年成立的重庆市首批蚕桑学重点实验室发展建成，并在2005年组建教育部蚕学与基因组学重点实验室， 同时进入“211”重点建设学科。如今，研究所已经发展成为我国蚕桑学基础和应用基础研究、产业技术研发和高级专门人才（硕士、博士）培养的重要基地。研究所所在的“特种经济动物饲养学科”于2002年被评为国家重点学科。

中国工程院院士、国际著名蚕学家向仲怀教授任研究所所长和学术委员会主任。研究所下设家蚕基因库及遗传育种研究室、桑遗传育种研究室、桑蚕病虫病理研究室、分子生物学及遗传工程研究室、细胞生物学研究室及应用生物工程研究室等六个研究室。 研究所主要研究方向和内容：以家蚕基因组生物信息学、家蚕重要功能基因研究、转基因和分子改良技术体系建立为主的家蚕功能基因组研究为核心，以蚕、桑新素材创新、新品种选育和现代蚕桑产业技术研发提升产业技术水平为目的，开展家蚕模式昆虫和家蚕生物反应器等研究拓展学科领域和非绢丝产业领域。

研究所拥有一支以中国工程院院士、国家级有突出贡献的中青年专家、省部级专家为主要阵容的学术队伍。研究所专职研究人员25人，其中教授9人，副高12人，有博士学位者16人；中国工程院院士1人，博士生导师7人，国家有突出贡献的专家4人，国家“百千万人才工程”人选3人，“跨世纪优秀人才”和“新世纪优秀人才”各1人，“973”项目首席科学家1人。实验室常年在读硕博研究生130人左右，在站博士后3～5人。

研究所实验用房1800m，基因库蚕室2500m；是世界上保存系统最多的家蚕基因库；置有飞行时间质谱仪、DNA测序仪、定量PCR扩增仪、蛋白质双向电泳系统、显微注射仪、各型高级显微镜系统、细胞转基因仪、高压液相色谱仪、冷冻离心机、凝胶成像系统、流式细胞仪等先进仪器设备，能满足分子生物学、细胞工程、种质资源与育种研究工作的需要。

研究所近年主持国家“973”项目、“863”项目、国家自然科学基金项目及攻关项目等100余项，年均科研经费1500余万元。2004年研究所在世界上率先绘制完成了家蚕基因组框架图，其研究成果发表于Science，建立了世界上最大的家蚕表达序列标签数据库，发现了与家蚕性别决定、发育和变态、激素调节以及抗性等密切相关的关键功能基因群，并且在家蚕基因组结构特征、基因的组织、进化和比较基因组学方面也获得了一批具有重要价值的理论成果，在国内外产生了广泛的影响；完成了家蚕病原性微孢子虫的全基因组测序；育成优良蚕品种3对，新桑品种两个。先后获国家、省市级科技成果奖30余项，其中国家科技进步二等奖1项，国家自然科学奖四等奖1项，省级自然科学一等奖1项，省级科技进步一等奖3项， 2003年度中国高校十大科技进展1项，日本蚕丝学会特别奖1项。这些成果的完成，为我国蚕桑学科的发展和蚕丝产业技术的进步做出了重大贡献。研究所同时还出版学术专著5部、译著1部、教材4部、出版发行全国性蚕业学术季刊《蚕学通讯》，在包括《Science》等国内外学术杂志上发表研究论文500余篇。

研究所与日本、美国、加拿大等国家的有关大学或科研单位建立了广泛合作关系，研究所固定研究人员中90%具有国外工作或者学习经历，先后派遣了30余名研究生赴国外留学，实施国际共同研究项目5项。在国内同十几所高校与科研院所建立了科研合作关系，吸引了一大批客座人员和访问学者来室工作。

将研究所将建设成为国内一流、国际先进的、开放型的知识创新和人才培养基地，为我国乃至世界蚕桑学科发展和蚕丝产业技术进步做出新的贡献，是我们的工作任务，振兴蚕丝科技、产业和文化是我们的任务和历史责任，开创21世纪新的丝绸之路是我们追求的目标。