位于
克孜勒苏柯尔克孜自治州和
喀什地区境内。西北端以
克孜勒苏河为界与
天山分隔；北部与
塔里木盆地相邻；南部以
叶尔羌河上游近东西走向的河段与
喀喇昆仑山分界；西部以塔什库尔干谷地至木吉谷地为界，与
帕米尔高原为邻；东部与中昆仑山相接。大致在东经74°～78°，北纬36°30’～39°40’范围内。
山体北西南东走向。长约450千米，宽70～130千米，面积约4.5万平方千米。山体宽厚高大，南北不对称。北坡长而陡峭，与海拔1000 多米的塔里木盆地相邻，高差4000米；西南坡与帕米尔高原、喀喇昆仑山毗邻，与谷地高差1000～2000 米。平均海拔5000～6000米，主要山峰偏于西部。主峰
公格尔山海拔7649米，
慕士塔格山为7509米。公格尔慕士塔格
冰川积累区年降水量约600毫米，有466条冰川，面积898平方千米。