工作职能
根据《市人民政府办公厅关于印发〈贵阳市卫生局职能配置内设机构和人员编制规定〉的通知》（筑府办发〔2001〕75号）精神，市卫生局是主管全市卫生工作的市人民政府工作部门。其工作职责如下：
1、贯彻执行党和国家关于卫生工作的方针、政策和法律、法规，研究提出全市卫生事业发展的规划和目标，拟定我市卫生工作规章、技术标准和实施办法并组织实施。
2、研究提出全市卫生规划，统筹规划与协调全市卫生资源配置，拟定
社区卫生服务发展规划和服务标准，指导卫生规划的实施。
3、研究拟定全市农村卫生、妇幼卫生工作规划和政策措施，指导全市初级卫生保健规划和母婴保健专项技术的实施。
4、贯彻预防为主的方针，开展全民健康教育，制定全市主要急。慢性传染病和其它严重危害人体健康疾病的预防控制规划并组织实施；组织对重大疾病的综合防治；负责向省卫生厅和市人民政府报告传染病的检测情况。
5、指导全市医疗机构改革，负责卫生部、卫生厅制定的医务人员执业标准、医疗质量标准和服务规范的实施和监督工作。
6、制定全市医学科技和教育发展规划，组织医药卫生科研攻关，指导医学科技成果的推广和应用，负责医疗卫生系统信息网络的规范化建设及管理。
7、负责对全市传染病防治、母婴保健、医疗机构及食品、职业、环境、放射、学校卫生等依法实施监督管理。
8、拟定全市卫生人才发展规划；组织实施卫生人员职业道德规范；对市卫校进行业务指导，组织对卫生人员进行继续医学教育，负责全市卫生人才的培养教育。
9、争取
世界卫生组织和其它国际组织及国内外民间组织对我市卫生事业的援助，开展技术交流与合作，拟定卫生合作项目方案并组织实施。
10、贯彻执行中西医并重的方针，推进中医的继承与创新和中西医结合工作，促进中西医的共同发展。
11、承担市爱国卫生运动委员会的日常工作；负责全市农村改水改厕工作的规划组织、协调指导和检查督促；开展除害防病、健康教育，开展群众性的
爱国卫生运动；普及卫生科学知识。
12、组织调度全市卫生技术力量，配合有关部门对重大疫情、自然灾害和突发事件实施紧急处理，防止和控制疫情、伤情的发生和蔓延。
13、承办市委、市政府和上级业务部门交办的其他事项。
内设机构
根据《市人民政府办公厅关于印发〈贵阳市卫生局职能配置内设机构和人员编制规定〉的通知》（筑府办发〔2001〕75号）和市编委《关于成立贵阳市干部保健办公室的批复》（筑编发〔2005〕5号）、《关于市卫生局增设项目管理办公室（基建处）的批复》（筑编发〔2006〕12号）精神，市卫生局内设11个职能处（室），其名称和主要职责如下：
1、办公室
综合协调机关政务工作，制定机关工作制度；起草综合性文件、卫生工作计划、总结；负责机关行政事务、目标管理、机要文书、会议组织、文电处理、新闻宣传、信访议案、档案管理、资产管理及保密工作；负责机关计算机网络系统的管理，卫生工作信息的编写与报送。
2、人事处（党委办公室）
研究拟定全市卫生人才发展规划；负责医疗卫生行业人员的职称资格认定工作；负责局机关和直属单位的机构编制、干部人事、劳动工资、卫生技术职称晋升考试考务工作、专家管理、综合治理、安全保卫、国家安全、职工培训及出国（境）人员的政审工作；承办市属卫生系统市以上表彰对象的审核和推荐工作。负责机关和直属单位的党群工作；承办党委的日常工作。
3、规划财务处
编制全市卫生事业发展规划和年度计划，指导区域卫生规划工作，统筹规划与协调卫生资源配置；监督执行国家、省卫生装备标准；负责贵阳地区卫生事业统计资料汇总、分析评价及卫生统计任务的考评；负责全市卫生事业财务内审工作的综合评价；负责局机关财务管理工作和本系统财务、统计人员的业务培训；负责直属单位的计划财务、基建项目、国有资产、专控商品等的监督管理工作；会同有关部门拟定医疗卫生服务项目和卫生监督项目的收费标准报请有关部门审批后组织实施；指导卫生事业经济政策调研工作。
4、卫生法制与监督处
草拟地方性卫生法规草案；负责全市卫生行政复议、应诉和卫生执法，职业卫生的监督和监察工作；监督执行医学卫生技术标准；监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校，饮用水卫生工作。承担安全生产委员会防尘防毒办公室的日常工作。
5、基层卫生与妇幼保健处
拟定全市农村卫生、
社区卫生服务和妇幼卫生的规划和服务标准并组织实施；指导初级卫生保健规划的实施；指导城市基层卫生服务体系的改革；负责组织实施上级
卫生行政部门关于妇幼卫生和提高出生人口素质的发展规划和技术标准；监督母婴保健专项技术的实施。
6、医政处（中医药管理处）
制定全市医疗机构的发展规划，指导全市医疗机构改革；负责医疗机构和医务人员的执业管理；监督医务人员执行执业标准、服务规范；监督管理医疗机构的医疗和服务质量；监督管理临床用血质量及单采血浆站的执业活动；协调处理医疗事故；配合有关部门组织实施招生、征兵等大型体检的组织工作和残疾人康复工作规划；组织安排抢险救灾及大型群体活动的医疗救护工作；承担医师、
护士执业资格考试考务工作；拟定全市中医、中西药给合、中西医结合及民族医疗医药发展规划并组织实施；推行中医药人员执业资格制度，监督管理中医医疗机构；指导中医药人才培训；负责初、中等中医药的临床教育、中医药成人教育、继续教育和师承教育；拟定中医药科学研究规划，组织协调中医药基础研究和临床运用研究，指导中医药技术开发和科技成果推广工作。
7、疾病控制处
拟定全市传染病、地方病、
慢性非传染性疾病及公共卫生相关疾病的防治规划和措施并组织实施；组织对重大传染病、地方病的综合防治并做好向上级
卫生行政部门和市人民政府报告传染病监测情况的有关工作；组织调度全市卫生技术力量，开展救灾防病工作，对重大突发疫情、病情实施紧急处理，防止和控制疫情、病情的发生和蔓延；负责市级卫生防病单位的业务管理；协助有关部门对工矿企业的
医疗卫生机构进行防病业务管理和技术指导；组织开展防病宣传教育活动，组织开展全市计划免疫工作，承担市计划免疫协调领导小组办公室的具体工作。
8、科技教育处
拟定全市医学科技发展规划和科技重点发展项目，以及临床应用研究、基础性研究、重大疾病研究的办法和措施；组织协调全市医药卫生科研项目的申报立项、重点医疗科技攻关及科研成果的评审、申报、推广应用工作；指导中等医学教育的教学工作和招生工作；拟定我市医学教育发展规划、乡村医生教育、在职医学教育、继续医学教育的管理办法并组织实施；开展医学教育研究活动；拟定卫生合作项目方案并组织实施，开展医疗卫生技术交流与合作。
9、市爱国卫生运动委员会办公室
负责爱国卫生工作的组织、宣传、协调、指导、监督、检查、评比、表彰和信息交流；指导全市农村改水改厕的业务上作；负责全市创建卫生城市、机关单位卫生达标、文明卫生村寨、控烟等工作；协调有关部门制定重大疫情、中毒事故等突发事件的防范措施和应急对策，开展除害防病活动；组织开展全民健康教育，普及卫生科学知识；负责社会卫生的交流与合作工作。
10、市干部保健办公室
贯彻落实干部保健工作的方针、政策以及市保健委有关干部保健工作的意见、指示和决定；根据市保健委的有关指示精神拟定干部保健工作计划和措施，并组织实施、检查和总结；负责在本市工作或居住的副省级领导干部的医疗保健服务，负责正、副地（厅）级领导干部的健康保健工作，负责指导机关干部的健康体检和开展预防保健及健康宣传教育等工作；组织拟定重点保健对象的医疗保健方案并组织实施和监督检查；组织安排领导干部年度健康体检，建立重点保健对象健康档案，随时掌握本地干部保健动态及健康检查情况，负责协调本地领导干部重大病情会诊和医疗抢救工作，遇有重大医疗保健问题，按规定及时向上级和本地有关部门报告；负责组织和协调来本市的中央和外地的重点保健对象、来访的外国贵宾、高级官员及保密外宾的医疗保健及相关公共卫生工作，承担重要会议和活动中的
医疗卫生保健、卫生防病工作及重大抢救任务的组织、协调和实施；负责审批、联系干部保健对象外购药品、转诊、疗养有关事宜；掌握本地医疗卫生专家队伍基本情况，做好干部保健专家库建设，选拔优秀干部保健专家充实到本级干部保健专家库；确定干部保健基地，及时掌握各干部保健基地有关干部保健工作动态，检查并指导干部保健门诊、急诊和病房的工作；负责干部保健经费的管理和使用；负责干部保健基地的业务指导和联系，并定期组织经验交流；完成上级交办的其他工作任务。
负责做好卫生系统基础建设项目管理工作。
12、离退休干部处
负责局机关离退休人员的管理和服务工作；按照干部管理权限，办理局机关和直属单位干部、职工、工人的退休手续；负责督促、检查、指导、协调直属单位的离退休干部管理服务工作；贯彻落实中央、国务院和省、市有关离退休干部政治、生活待遇政策；负责局关工委、老龄委、老体协的日常工作；做好离退休干部来信来访工作；承担上级对口主管部门及局领导交办的工作。
13、监察室
做好局机关各处室及其工作人员对国家政策、法规执行情况的监督；调查处理违反政纪案件；抓好系统行业作风建设，纠正行业不正之风；加强宣传教育工作，预防政纪案件的发生；完成市监察局及局领导交办的其它工作。
14、市新型农村合作医疗管理中心
制定、实施贵阳市新型农村合作医疗方案和有关配套政策；负责贵阳市新型农村合作医疗资金管理、信息管理；组织对新型农村合作医疗管理机构管理人员的业务培训工作；定期向贵阳市新型农村合作医疗领导小组汇报工作，筹备、组织召开工作会议；协调有关部门支持新型农村合作医疗，牵头召开涉及各部门的工作会议；监督指导各区（市、县）新型农村合作医疗工作的开展。