自
盘古开天辟地后，
女娲神创造了人族与魔族，因性格与外表的不同，两族常起冲突。后来人类铸造了一把神器——「
轩辕剑」，企图彻底解决两族间的战争。持有此剑的侠士带领人类与魔族战得两败俱伤，而轩辕剑侠的魂魄从此即依附在轩辕剑上。
十七年后，轩辕剑侠之子
何然离开教他仙法多年的师父下山历炼，面对这世上的纷争，期待一个能让自己活跃的舞台。由于察觉到何然一行人身边的壶中仙可能引发的危机，轩辕剑侠一直出现警告他们。但是天人相隔，他们不能明白，还是造成了一场浩劫。体会到父亲苦心的何然等人持轩辕剑进入壶中世界尽全力和
壶中仙一搏。