黄帝、
天女与
蚩尤约战于涿鹿之野时，此剑折断，后黄帝、天女一起重铸此剑，重铸后正式称为轩辕剑。重铸过程中，天女以本身纯阳之力修补此剑，结果己身化为旱魃之身，被黄帝封入
山海界， 《
轩辕剑三外传：天之痕》中物品介绍：千年的古剑，传说是黄帝击败蚩尤所用的剑；内蕴藏着用不完的力量，经过日月的交替已经幻化成斩妖除魔的神剑。 其来历在游戏中还有其他说法：为人类正道领袖所铸之剑。
原作中有“最强力量”的称号。 可以与
东皇钟、
昊天塔、
盘古斧、
炼妖壶组成
虚空之阵，打开由人界通往天上的虚空之路。 在《
轩辕剑叁外传：天之痕》的OP中，有以轩辕剑一击击杀陈国万人军队的场面。而在之后的系列中，更将其力量描述为强力的“剑气”。 而在
轩辕剑系列的游戏中也往往作为终极武器出现，但自从
十大神器体系形成后玩家好像就摸不到它了。
在轩辕剑的第五部《
轩辕剑五：一剑凌云山海情》和外传《
轩辕剑外传：汉之云》《
轩辕剑外传：云之遥》中，轩辕剑从涿鹿之战时登场，并在战役结束时断为两半。
东汉末年，轩辕剑转世成为皇甫家的长子和次子——
朝云和暮云。在
关羽水淹七军后，兄弟俩还有他们的姐姐被迫流离失所……途中，为了能让姐姐和弟弟利用仅剩不多的干粮生存下去，朝云中途离开并昏死于荒野，被名将
赵云所救，后被赵云收为弟子。暮云姐弟两人寻找走失了的朝云不成，遂到江北投亲。在洛阳城郊，暮云姐弟遭遇狼群袭击，姐姐被杀，暮云觉醒了作为轩辕剑转世者所携带的“剑气”将狼群击退。暮云神识被分，附于狼尸而化作
金狼。暮云失忆，被
徐庶所救成为其养子，并拜
张郃为师。多年后，哥哥
皇甫朝云加入了隶属“
蜀汉”阵营的“
飞羽”组织，弟弟
徐暮云则加入了隶属于“
曹魏”阵营的“
铜雀尊者”组织，两大组织在诸葛亮北伐期间多次交手。最终，兄弟二人在五丈原展开生死决战，二人剑气合一，合体后的
皇甫暮云前往山海界寻找其母
天女青儿。
在这一大段的剧情中全都没有轩辕剑作为“武器”出现在
装备栏的机会，但是作为补偿，两位分别在《汉之云》和《云之遥》中出任男主角的角色，都拥有同样的操纵“剑气”的能力，具体体现就是在绝技一栏的单体攻击绝技——轩辕服太虚，弟弟暮云还比哥哥多一个群攻绝技——凝剑平万里……姑且可以当作是对于无法【装备】轩辕剑的补偿了吧……
金狼在木门道获得剑气后化为人形，前往遥远的云和山的彼端。
唐朝时，幻化成
轩辕剑仙。
轩辕剑还曾转世为
白王——一位行踪飘忽、来历不明之神秘人物，一身白发白衣，风度翩翩，潇洒飘逸。他以剑气作为武器，可自由驾驭剑气飞行。其剑气之中，带有独特之纹路，据说与传说中的上古神器有着极深之渊源。
白王自称其对
牧野之战的过程与结果十分关心，并希望能够从中找到王道的根源。与
迦兰多外表稳重，内心焦虑不同，白王并不容易被感情所动，似乎他的阅历比从异邦而来的迦兰多还要丰富，是一个真正以大事为重，不拘小节之人，而他与迦兰多在《
轩辕剑六》的故事中相遇，由此还引发出一个惊天秘密……