上古之世，神州大地，
炎黄二帝争霸，
炎帝灭，黄帝胜，炎帝麾下所属之诸侯——蚩尤，意欲一雪炎帝之仇，遂与黄帝、天女二人，约战于
涿鹿之野。
涿鹿之战，黄帝利用天女所赠天界之剑，击败蚩尤。战斗中宝剑损毁，天女将其身内天界阳气发挥极致，重铸宝剑。并以黄帝之名为二人合力重铸黄金之剑取名轩辕剑，视作二人的孩子。
战后，黄帝成为天下的新共主，用从炎帝手中夺到的
东皇钟创造
山海界，把
白虎、
青龙、
朱雀、
玄武这四个昔日炎帝所最仰重诸侯及其族人丢入其中。为重铸轩辕剑而启用的力量使天女体质发生异变，给神州大地带来干旱与饥荒，为了自己的子民，黄帝忍痛将其放逐至山海界。在山海界，天女被青龙圣者打败，封印起来，而且分为灵、魄、身三部份：“魄”即青魅，为天帝给天女取的小名；“身”被封印于山海界中央界，并被青龙圣者化身的青龙圣木盘住；“灵”的部分则因青龙圣者的同情而被单独释放，并担任维持对“魄”“身”的封印工作。
天帝为寻回失去踪迹的爱女，强行大开天门，使得天与地之间能够连结相通。此时，凡人可通过登天门之法，觐见天帝、获取神力。天帝此举本是希望有志之士到达天门获取神力后，能够协助自己寻回爱女。无奈人心叵测反被利用，导致人间陷入混乱，
九黎信奉巫教、崇尚鬼神而废弃人事。一时之间，妖人乱世战祸不断，百姓生活陷入不安与困顿之中。
颛顼帝唯恐蚩尤乱世再现人间，却苦于自身能力有限，只得向曾协助轩辕黄帝以东皇钟建立山海界的
华胥之主求助。与此同时，华胥之主的儿女
伏羲、
女娲也因不忍见百姓受苦，故协同颛顼帝说服华胥之主，终以上古神器之阵强行将天门关闭。自此之后，便无一人可随意登天，神也无法随意下凡，史称“
绝地天通”。
若干年后，天女青儿所携带下凡的琴、笛、笙、磬四样乐器幻化成
巫山四仙子（
巫山仙子、
洛水仙子、
横艾、
磬儿）。轩辕剑则于
东汉末年转世为
皇甫朝云与
徐暮云，后在
五丈原空间裂缝，兄弟二人剑气合一。合体后的皇甫暮云借
盘古斧进入山海界寻找其母天女，
陆承轩意外掉入暮云所劈开的空间裂缝，随其一同进入山海界。
皇甫暮云在山海界将青魅解封，之后打倒并吸收青龙圣者。《
轩辕剑五》普通结局，陆承轩等人击败青魅，皇甫暮云与陆承轩决斗，分别化作轩辕剑与
昊天塔。隐藏结局中，天女之“身”被成功解封，合并为天女，欲毁灭山海界和黄帝的轩辕界，皇甫暮云为劝阻天女，自杀化作轩辕剑。天女青儿看见黄帝刻在轩辕剑上的话而感动，自愿被再度封印。