中华人民共和国边境管理区通行证是进出中华人民共和国边境管理区人员的通行证明。边境管理区通行证式样由中华人民共和国公安部制定，并统一印制。

1999年9月4日，公安部令第42号发布施行《中华人民共和国边境管理区通行证管理办法》。该办法规定，“国家在陆地边境地区划定边境管理区（含深圳、珠海经济特区），实行《中华人民共和国边境管理区通行证》（以下简称《边境通行证》）验查管理制度。”“凡进出边境管理区的人员，均适用本办法。”

该《办法》规定了进出边境管理区证件：

该《办法》还规定了《边境通行证》的申领、签发、查验以及违反本《办法》规定的处罚等等。《边境通行证》式样由中华人民共和国公安部制定，并统一印制。

2010年时，边境管理区所在地的名单如下：

深圳、珠海特区

1985年，中华人民共和国国务院发布《国务院关于深圳珠海经济特区边防管理若干问题的规定》（国发〔1985〕109号）。2000年，为执行上述《中华人民共和国边境管理区通行证管理办法》，广东省公安厅发布《关于启用〈边境特别管理区通行证〉的通知》（粤公通字〔2000〕417号）。因居住、工作或旅游参观需要前往深圳沙头角或珠海茂盛围边境特别管理区的人员，需办理《边境特别管理区通行证》。该证的核发由广东省公安边防总队主办。

2003年5月28日，广东省公安边防总队在广州市举行新闻发布会宣布，经中华人民共和国国务院、中央军委批准，广东省公安边防总队决定自2003年5月28日起对深圳、珠海特区管理线（俗称“二线”）及粤港粤澳边界管理线（俗称“一线”）的边防管理工作加以改革，简化《边境通行证》办理手续，部分内地居民可以免办《边境通行证》进入深圳、珠海特区。

2003年，为配合此次改革，中华人民共和国公安部下发《关于简化办理深圳、珠海特区〈边境通行证〉手续等问题的通知》，对前往深圳、珠海特区人员办理《边境通行证》采取简化手续，取消了凭介绍信办理《边境通行证》等审批手续。内地居民前往深圳、珠海特区凭中华人民共和国居民身份证申请办理《边境通行证》，该证件有效期最长可达一年。

2008年2月15日，北京市人民政府发布关于取消和调整行政审批项目的通知，取消10项行政审批项目，其中北京市公安局取消了深圳、珠海经济特区《边境通行证》核发，自此北京市民赴深圳、珠海经济特区不必再办理《边境通行证》。

2010年，国务院批准深圳经济特区扩大至全市范围，深圳开启了特区一体化的进程，特区管理线实际上只剩下物理形态的存在，已经没有实际管理意义。

2015年，深圳启动了二线关口的交通改善和环境提升工程，梅林关等十几个关口被拆除，关口交通问题得到极大改善。

2018年，《国务院关于同意撤销深圳经济特区管理线的批复》明确同意撤销深圳经济特区管理线，这道使用了30多年的管理线正式退出历史舞台。

2021年10月，经广东省人大常委会会议表决通过，《深圳经济特区与内地之间人员往来管理规定》正式废止。

2009年时，边境特别管理区通行证为一张天蓝色的纸质证件，正面印有“边境特别管理区通行证”“广东省公安厅”字样以及“注意事项”。

1、此证只限在证件填写的省内边境特别管理区和边境管理区内通行。

2、此证与本人居民身份证等有效证件同时使用。

3、此证不得擅自涂改、转借，有效期满向发证机关缴销。

4、请保持条码的整洁和完整，以免影响正常使用。

反面为资料页，最上行标注有证件编号，最左边为证件与存根的裁剪处，除此以外还有如下信息：

边境特别管理区通行证分为一次和多次两种。

一次性的边境管理区通行证属即办即得，即当场申办即可得到证件。只需凭申办人本人身份证及复印件即可办理。深圳、珠海的申办受理地址分别为：

多次性的边境管理区通行证的办理方式与一次性的通行证相似，但因需逐级审批，因此需多个工作日完成办理。