近亲交配为近缘交配的一种，指亲子、兄弟姐妹等近亲间进行的交配，近交是选育、保持和繁殖优良种畜和植物原种（包括自交系）的重要方法之一。

近缘交配的一种，指亲子、兄弟姐妹等近亲间进行的交配。在家畜、家禽的品种改良中常被采用。近亲交配在保持优良家畜品种方面是有用的（如Favourite短角牛）。主要目的在于提高有关目标性状（A）纯合体（AA）的出现率，以及使群体内性状达到均一化。

亲缘关系相近的个体间的交配，也称近亲交配，简称近交。是动植物育种和良种繁育中常用的交配形式，极端的近交如植物自花传粉的本体自交。其次是同双亲后代的全同胞交配、同单亲后代的半同胞交配以及同祖后代间交配。亲代与子代间回交也是近亲繁殖的一种形式。群体或个体的近交程度取决于亲本或双亲亲缘关系的远近，通常以近交系数 (F)，即近亲繁殖后代中某一来自共同祖先的基因相遇的概率为度量。近交系数变化在0～1之间。在畜牧业中，从配种双方到共同祖先的总代数在6代以内,或所生后代的近交系数大于0.78的，都属于近交。

近交能使群体的杂合性降低，纯合性提高，使遗传性状逐渐稳定。每一代杂合性降低的速率因近交形式的不同而异：自交为1/2，全同胞交配为1/4，半同胞交配为 1/8，同祖后代间交配为1/16。在一个群体中进行多代近交，能使群体分化成多个由不同基因型组成的小群，并导致各小群逐渐纯化。选择可使各小群的纯化程度得以保持或继续提高；如不进行选择，则小群的变异就会扩大。

近交虽可使显性有益性状的基因纯合，但也可使隐性有害性状的基因纯合。如“卡拉库尔卷曲”式犊牛被毛、犊牛的一种先天性水肿，以及一种短头侏儒牛，就都是由隐性基因纯合造成的。因此，近交常用以发现和淘汰群体中的隐性有害性状的基因。

正常异交繁殖的动植物进行近亲交配时，常产生近交衰退现象，即近交后代表现生活力、生产力、繁殖力、抗逆性、适应性下降和生长发育缓慢等。近交衰退的程度依品系种类的不同而异。但连续近亲交配若干代后，其后代的生活力、适应性和产量等不再继续降低。如玉米连续自交20代，产量即趋于稳定，不再变化。在生产中，防止和减轻近交衰退的措施有：根据遗传学原理和商品生产的要求，合理选择有效的近交形式；控制群体的近交程度；加强选择和淘汰；有目的地进行血缘更新；改善饲养管理或栽培条件等。

近交是选育、保持和繁殖优良种畜和植物原种（包括自交系）的重要方法之一。在家畜育种工作中，采用家系繁育和品系繁育等较缓和的近亲繁殖方式，培育出了许多著名的优良家畜品种，如英国的短角牛、来斯特羊及中国的新淮猪等。对某些作物常利用多代高度近交的方法，结合选择培育不同基因型的近交系（包括自交系），并择优交配以产生杂种优势强的杂交种。玉米应用此法，明显提高了产量。在畜牧业中，也可通过高度近交来建立高纯度的近交系，然后再在近交系之间实行经济杂交，生产商品性禽畜。这种方法已在鸡的商品生产中广为应用。但因培育近交系的经济代价很高，家畜育种中尚未普遍推广。在医学上为繁育高纯度的实验动物(如大、小白鼠)，高度近交则是常用的方法。许多近交系一旦育成后并不会比一般品系出现更多的异常。