1、病原菌累积严重，病虫害发生频繁，逐渐加重。尤其是土传病害不断发生，如十字花科的
软腐病、菌梗病；茄果类的
枯萎病、
根腐病、
立枯病；瓜类的
猝倒病、疫病、枯萎病，已成为生产的主要威胁。
2、土壤变劣造成
土壤微生物活性降低，养分
分解作用下降；作物酶活性降低，细胞分裂减缓，膜结构遭破坏，从而影响矿物质元素的吸收运输。
3、
土壤含盐量及PH失衡随栽培年限的延长而加重，并逐渐向表层聚集，造成
表土层板结、理化性恶化，PH值增高，影响作物对养分的吸收。
在一定条件下采用连作，有利于充分利用一地的气候、等自然资源，大量种植生态上适应且具有较高经济效益的作物生产者通过连续种植,也较易掌握某一特定作物的栽培技术。但连作往往会造成多种弊害：①加重对作物有专一性危害的病原微生物、害虫和寄生性、伴生性的滋生繁殖。如黑痣病的蔓割病以及花生
线虫、
大豆菟丝子、
向日葵列当、稗草等的滋生都和连作有关；②影响土壤的理、化性状,使肥效降低；③加速消耗某些营养元素,形成养分偏失；④土壤中不断累积某些有毒的
根系分泌物，引起连作作物的自身“中毒”等。
不同作物连作后的反应各不相同。一般是禾本科、十字花科、百合科的作物较耐连作；豆科、菊科、葫芦科作物不耐连作。连作对深根作物的危害大于浅根作物；对夏季作物的危害大于冬季作物，在同一块田地上重
复种植同一种作物时,按需间隔的年限长短可分为3类①忌连作的作物。在同一田地上种1年后需间隔2年以上才可再种。如芋、番茄、青椒等需隔3年以上，西瓜、豌豆、茄子等需隔5年,亚麻则需隔10年后再种。②耐短期连作的作物。连作1～2年后需隔1～2年再种的，如豆类、
薯类作物、黄瓜、花生等。③较耐连作的作物，可连作 3～4年甚至更长时间。 如水稻、棉花、花椰菜等，在采取合理的耕种措施，增施和加强病虫防治的情况下，连作的为害一般表现甚轻或不明显。
在一年多熟地区，同一田地上连年采用同一方式的
复种连作时，一年中虽有不同类型的作物更替栽种，但仍会产生连作的种种害处，如排水不良、土壤理化性状恶化、病虫害日趋严重等。为克服连作引起的弊害，可实行（水旱
轮作）或在复种轮作中轮换不耐连作的作物，扩大耐连作的作物在轮作中的比重或适当延长其在轮作周期中的连作年数，增施
复合化肥、等。