郑州大学基础医学院是国家“世界一流大学建设高校”“211工程”和“部省合作共建高校”——郑州大学的直属院系，下设10个系、1个实验教学中心、1个实验平台、13个研究所，4个科级办公室。

郑州大学医科教育源于1928年的河南中山大学，1952年河南医学院独立建院，1984年河南医学院更名为河南医科大学，基础部更名为基础医学院。

2000年7月，原郑州大学、郑州工业大学、河南医科大学三校合并成立了新郑州大学，基础医学院为郑州大学的二级学院。

人体解剖学系

组织学与胚胎学系

生理学与神经生物学系

生物化学与分子生物学系

法医学系

药理学系

医学遗传与细胞生物学系

病原生物学系

微生物免疫学系

病理生理学系

临床药理研究所

基础医学实验中心

学院是国务院恢复学位制后首批博士、硕士学位授权单位，拥有基础医学一级学科博士学位授权点（涵盖6个二级学科和2个自主设立二级学科博士授权点）、基础医学一级学科硕士学位授权点（涵盖7个二级学科和4个生物学二级学科硕士授权点、1个药学二级学科硕士学位授权点）。学院现有国家重点（培育）学科1个（病理学与病理生理学）、省级特色学科1个（肿瘤防治）。学院也是河南省首家博士后流动站（基础医学博士后流动站，1991）单位。

基础医学院在职教职工191人，其中教授28人、副教授54人，具有博士学位教师119人，博士生导师22人，硕士生导师73人。“长江学者讲座教授”1人，“长江学者特聘教授”1人，杰青2人，新世纪百千万人才工程国家级人选1人，享受“国家政府特殊津贴”专家3人，省“百人计划”特聘专家1人、省特聘教授4人，省学术技术带头人9人，省高层次人才特殊支持计划2人，河南省高层次人才认定8人，省教育厅学术技术带头人15人，郑州大学高层次人才23人。