都水清吏司是明清时期工部下设的机构。设郎中 6人（满 5人，汉 1人）、员外郎 6人（满 5人、汉 1人）、主事 6人（满 4人，汉 2人）。笔帖式若干人，经承 9人。司下设都吏、河防、桥道、织造、柜、杂六科和算房、火房，分掌本司事务。

都水司掌稽核、估销河道、海塘、江防、沟渠、水利、桥梁、道路工程经费；各省修造战船、渡船及其他各种船只并核销河防官兵俸饷；修制祭器、乐器；征收船、货税及一部分木税。隶属机构有皇差销算处（负责核销皇帝出巡时各地所用维修桥梁、道路等费用）；冰窑（负责收发藏冰）；彩绸库（负责收发制帛、诰轴、彩绸、驾衣、宝砂、棕丝、藤竹）。