迄今为止已发现约4000多种酶，在生物体中的酶远远大于这个数量。随着生物化学、分子生物学等生命科学的发展，会发现更多的新酶。为了研究和使用的方便，需要对已知的酶加以分类，并给以科学名称。1961年国际生物化学学会酶学委员会推荐了一套新的系统命名方案及分类方法，已被国际生物化学学会接受。决定每一种酶应有一个系统名称和一个习惯名称。

1961年以前使用的酶的名称都是习惯沿用的，成为习惯名。主要依据两个原则：

根据酶作用的底物命名

如催化水解淀粉的酶叫淀粉酶，催化水解蛋白质的酶叫蛋白酶。有时还加上来源以区别来源不同的同一类酶，如胃蛋白酶、胰蛋白酶。

根据酶催化反应的性质及类型命名

如水解酶、转移酶、氧化酶等。有的酶结合上述两个原则来命名，如琥珀酸脱氢酶是催化琥珀酸脱氢反应的酶。

习惯命名法比较简单，应用历史较长，尽管缺乏系统性，但还在被人们使用。

国际系统命名法原则，是以酶所催化的整体反应为基础的，规定每种酶的名称应当明确标明酶的底物及催化反应的性质。如果一种酶催化两个底物起反应，应在它们的系统名称中包括两种底物的名称，并以冒号将它们隔开。若底物之一是水时，可将水略去不写。

表一 示例

国际酶学委员会，根据各种酶所催化反应的类型，把酶分为6大类，即氧化还原酶类、转移酶类、水解酶类、裂合酶类、异构酶类和连接酶类。分别用1、2、3、4、5、6来表示。再根据底物中被作用的基团或键的特点将每一大类分为若干个亚类，每一个亚类又按顺序编成1、2、3、4……等数字。每一个亚类可再分为亚亚类，仍用1、2、3、4……编号。每一个酶的分类编号由4个数字组成，数字之间由“.”隔开。第一个数字指明该酶属于6大类中的哪一类；第二个数字指出该酶属于那一个亚类；第三个数字指出该酶属于那一个亚亚类；第四个数字则表明该酶在亚亚类中的排号。编号之前冠以EC(为Enzyme Commission的缩写)。例如：EC1.1.1表示氧化还原酶，作用于CHOH基团，受体是NAD+或NADP+；1.1.2表示氧化还原酶，作用于CHOH基团，受体是细胞色素；1.1.3表示氧化还原酶，作用于CHOH基团，受体是分子氧；编号中第四个数字仅表示该酶在亚亚类中的位置。这种系统命名原则及系统编号是相当严格的，一种酶只可能有一个名称和一个编号。一切新发现的酶，都能按此系统得到适当的编号。从酶的编号可了解到该酶的类型和反应性质。下面的图册列出了酶的分类，指明了酶的编号、系统名称、习惯名称及所催化的反应。