重庆市科学技术研究院系由重庆市人民政府整合原属中央和地方的10个研究院所组建而成的正厅局级事业单位，是集研究开发、中试孵化、成果转化和创新服务为一体的综合性科研机构和地方科学院，是全国省级地方科学院联盟的发起单位和全国科学院联盟的重要成员。

1966年3月，重庆工业自动化仪表研究所从原一机部上海热工仪表科学研究所一分为二内迁重庆，为正厅级事业单位。

2002年1月，实施科研体制改革从事业单位转为国有科技企业。

2003年1月，研究所以流量仪表技术与重庆耐德工业公司合资，成立重庆耐德正奇流量仪表有限公司。

2003年2月，与重庆市计算机技术研究所整合。

1959年7月，重庆市机电设计研究院前身重庆市机电局技术研究所成立，后更名为重庆市机械研究所。

1969至1971年，所属半导体研究室分离成立重庆无线电四厂，农机研究室分离成立重庆市农机研究所，计量室分离成立重庆市机械理化计量站。

1987年，重庆市机械研究所更名为重庆市机电设计研究院。

1998年，由原重庆市机械局划归重庆市科学技术委员会管理。

1999年，升格为副局级事业单位。

2002年，实施科研体制改革从事业单位转为国有科技企业。

2004年，被认定为重庆市高新技术企业。。

1988年12月，重庆高技术创业中心经重庆市人民政府批准成立。

1990年8月，中心经重庆市编委核定为副局级事业单位。

1992年3月，中心与张松山等科技人员创办重庆华邦生化技术有限公司，该公司于2004年6月在深圳证券交易所挂牌上市。

1993年5月，重庆科技孵化楼在高新区石桥铺破土动工，总建筑面积1.16万平方米。

1996年10月，中华人民共和国国家科学技术委员会批准中心作为国际企业孵化器首批试点单位。

1997年10月，中华人民共和国国家科学技术委员会认定中心为首批10家“国家级高新技术创业服务中心”之一。

1998年6月，中心创立重庆联合产权交易所前身之一的重庆技术交易所。

1998年10月，重庆国际企业孵化器生物工程孵化楼在北碚区开工奠基，总建筑面积1.7万平方米。

2000年4月，中共重庆市委批准成立中共重庆高技术创业中心委员会。

2002年1月，中心由事业单位转制成为企业。

2007年3月，中心建立驻俄办事处。

1966年，重庆市硅酸盐研究所成立，隶属重庆市一轻工业局。

1983年，中华人民共和国国家教育委员会、中华人民共和国轻工业部、四川省人民政府批准在所创办“搪瓷职工大学”，学制大专三年。

1994年，与重庆市科技风险投资公司共同出资，创办了重庆长乐硅酸盐有限责任公司，生产经营科技产品。

2002年1月，实施科研体制改革从事业单位转为国有科技企业。

20世纪60年代初，重庆市机械工业理化计量中心的前身重庆机械设计研究所中心计量室创建。

1964年，更名为重庆市机械局中心计量站。

1972年3月，更名为重庆市机械局理化计量中心站，在机械行业开展计量检定工作。

1985年6月，重庆机械工程学会理化检验分会设在本中心。

1993年，由公益性全额拨款事业单位转制为公益性差额拨款事业单位。

1995年5月，经重庆市质量技术监督局批准，设立了法定检定机构重庆超声探伤计量站。

1995年10月，中国机械工业理化人员资格鉴定委员会重庆分委会批准设在本中心。

1997年8月，更名为重庆市机械工业理化计量中心。

2001年，转制为科技型国有企业。

2006年，整体入驻重庆科技检测中心。

1956年，原中华人民共和国轻工业部将重庆工业试验所部分试验室分离成立重庆芳香工业研究室。

1958年，由中华人民共和国轻工业部划归四川省轻工业厅管理。

1964年，更名四川省香料工业研究所。

1970年，更名为四川省日用化学工业研究所。

1997年，列为重庆市科技体制改革试点单位，与6家民营企业发起成立“重庆嘉顿实业股份有限公司”。

1999年，划归重庆市科学技术委员会管理。

2002年，转制为科技型企业，同年更名为“重庆市日用化学工业研究所”。

1985年6月，在重庆市科学技术委员会直属食用菌研究室基础上扩建成立重庆市生物技术研究所。

1970年，重庆市光学机械研究所成立。

1964年5月，重庆市轻工业局在市中区建立重庆市轻工业研究所，专业有纺织、玻搪、食品加工等。

1966年5月，纺织、硅酸盐两专业分出，交日用品工业公司代管。

1976年，收归局管。

1983年11月，改名为重庆市食品工业研究所。

2004年12月，中共重庆市委、重庆市人民政府召开全市科技大会，出台《关于加快区域科技创新体系建设的决定》，明确提出“组建重庆市应用技术研究院”，列入全市“十一五”基本建设重点项目。

2005年9月，重庆市应用技术研究院破土动工。

2006年12月，重庆市应用技术研究院破土动工全面建成，总占地近90亩，建筑面积6.84万平方米。

2007年10月，重庆工业自动化仪表研究所、重庆高技术创业中心、重庆市光学机械研究所、重庆市生物技术研究所、重庆市硅酸盐研究所、重庆市日用化学工业研究所等5所1中心整体入驻；11月，重庆市机构编制委员会下发《关于设立重庆市应用技术研究院的批复》，明确为正厅级事业单位。

2008年12月，重庆市科学技术委员会将重庆市机电设计研究院、重庆机械工业理化计量中心、重庆市食品工业研究所划归重庆市应用技术研究院管理。

2009年5月，重庆市机构编制委员会批复重庆市应用技术研究院正式更名为重庆市科学技术研究院。

据2024年4月研究院官网数据，重庆市科学技术研究院拥有企事业人员2000余人。

重庆市环境科技专家库专家：万欣

重庆市科技创新领军人才：冉洋

重庆市有突出贡献的中青年专家：韩鹏

据2024年4月研究院官网数据，重庆市科学技术研究院设有7个研究中心（院），2家事业单位，8个转（改）制院所公司，组建市应用技术公司负责转（改）制院所公司和其它16家参控股企业的指导管理。

院属研究中心：技术评估与转移服务中心、信息与自动化技术研究中心、新材料研究中心、低碳与生态环保研究中心、生物医药与器械研究中心、重庆科技检测中心、重庆科技发展战略研究院、重庆大数据研究院、科学咨询杂志社

院属转改制院所（中心）：重庆高技术创业中心、重庆工业自动化仪表研究所、重庆市机电设计研究院、重庆市光学机械研究所、重庆市硅酸盐研究所、重庆市日用化学工业研究所、重庆市机械工业理化计量中心、重庆市生物技术研究所

2022年8月9日，重庆市科学技术研究院和中煤科工重庆设计集团“1+3”战略合作签约仪式在重科智谷A座易智网科技创新服务中心举行。

2023年11月1日，重庆市科学技术研究院与浙江省机电集团有限公司签署战略合作协议。

2023年12月22日，重庆市科学技术研究院与重庆材料研究院在重科智谷举行战略合作协议签约仪式。

2024年1月17日，重庆市科学技术研究院与中国电信股份有限公司重庆分公司签署了战略合作协议。

据2024年4月研究院官网数据，重庆市科学技术研究院累计牵头承担市级以上科研项目2200余项（其中国家级项目110余项），争取国家和地方财政科技投入近8亿元，开发市场化技术1600余项，实现产品和服务收入近26亿元。

《科学咨询》创刊于2000年，是由重庆市科学技术局主管，重庆市科学技术研究院主办，经国家新闻出版署批准，面向中国国内外公开发行的综合类科技期刊，以建设科技强国、文化强国、教育强国为发展目标，旨在传播自然科学和社会科学理论，提高领导科学决策水平，弘扬科学精神，普及科学知识，为科学决策咨询服务，内容覆盖政治、哲学、文化、科学、教育、经济、医药、工业、农业、交通等领域，重点展示科技、教育、经济、管理等领域的重大课题和理论热点，促进科技成果转化，为科技界、教育界、产业界、理论界提供发布科技成果、推广科研管理经验、促进科教融合的学术交流平台。

重庆市科学技术研究院院徽为红色长方形、月牙和五角星，下方为研究院的英文缩写。

2021年5月22至6月22日，重庆市科学技术研究院举办了“我为党旗增光辉”主题征文比赛和书画摄影比赛。