根据《国务院关于地方改革完善食品药品监督管理体制的指导意见》（国发〔2013〕18号）和《重庆市人民政府关于改革完善食品药品监督管理体制的实施意见》（渝府发〔2013〕48号），设立重庆市食品药品监督管理局（正厅局级），挂重庆市食品安全委员会办公室牌子，为重庆市人民政府
直属机构。
主要职责
（一）负责贯彻实施食品（含食品添加剂、保健食品，下同）安全、药品（含中药、民族药，下同）、医疗器械、化妆品监督管理的法律、法规、规章和方针政策；负责起草地方性法规和规章，拟订地方性政策、规划并监督实施。推动建立落实食品药品安全企业主体责任、地方人民政府负总责的机制，建立食品药品重大信息直报制度，并组织实施和监督检查，着力防范区域性、系统性食品药品安全风险。
（二）负责组织落实食品行政许可的实施办法。建立食品安全隐患排查治理机制，制定全市食品安全检查年度计划、重大整顿治理方案并组织落实。负责建立食品安全信息统一公布制度，公布重大食品安全信息。参与制定食品安全风险监测计划实施方案、食品安全地方标准，根据食品安全风险监测计划实施方案开展食品安全风险监测工作。
（三）负责组织实施国家药典等药品和医疗器械标准、分类管理制度。负责组织实施药品和医疗器械研制、生产、经营、使用质量管理规范。负责药品和医疗器械的注册、生产许可、经营许可并监督检查。建立药品、化妆品不良反应和医疗器械不良事件监测体系，并开展监测和处置工作。组织实施执业药师资格准入制度，负责执业药师注册登记。参与制定地方增补基本药物目录，配合实施基本药物制度。组织实施化妆品监督管理办法。
（四）负责制定食品、药品、医疗器械、化妆品监督管理的稽查制度并组织实施，组织查处重大违法行为。规范行政执法行为，完善行政执法与刑事司法衔接机制。建立问题产品召回和处置制度并监督实施。
（五）负责食品药品安全事故应急体系建设，组织和指导食品药品安全事故应急处置和调查处理工作，监督事故查处落实情况。
（六）负责制定食品药品安全科技发展规划并组织实施，推动食品药品检验检测体系、电子监管追溯体系和信息化建设。
（七）负责开展食品药品安全宣传、教育培训、对外交流与合作。推进诚信体系建设。
（八）承担重庆市食品安全委员会日常工作。负责食品安全监督管理综合协调，推动健全协调联动机制。督促检查区县（自治县）人民政府履行食品药品安全监督管理职责并负责考核评价。
（九）承办重庆市人民政府以及重庆市食品安全委员会交办的其他事项。
领导信息
驻局纪检组长、党组成员：赵勇
食品安全总监、党组成员：李小平
处室介绍
办公室
负责文电、会务、机要、档案、督查、后勤保障等机关日常运转工作；承担政务公开、安全保密和信访等工作；起草重要文稿；负责外事接待和对外合作交流；推动电子监管追溯体系和信息化建设。。
综合处（政策研究室）
承担重庆市食品安全委员会办公室日常工作；承担有关部门和区县（自治县）人民政府履行食品药品安全监督管理职责的考核评价工作；研究食品、药品、医疗器械、化妆品监督管理重大政策；推动食品药品检验检测体系建设。
人事处
拟订食品药品监督管理工作人才发展规划并组织实施；承担本系统干部人事、机构编制、队伍建设、教育培训等工作；组织实施执业药师资格认定制度，承担执业药师注册工作。
规划财务处（审计处）
拟订食品药品安全规划并组织实施；承担本系统预决算、财务及内部审计工作；承担本系统基本建设、资产、装备配置和政府采购管理工作。
法规处（稽查处）
监督指导食品药品监督管理法律法规的实施；组织起草有关地方性法规、规章；承担规范性文件的合法性审核工作；承担行政执法监督、案件审核和行政复议、行政诉讼等工作；拟订有关稽查制度并组织实施；监督问题产品召回和处置；承担药品、医疗器械、保健食品广告内容审查工作。
新闻宣传处
组织实施食品药品安全信息统一公布制度；承担新闻发布、宣传报道等工作；承担食品药品安全政策法规和科普宣传工作；承担授权范围内的食品药品安全信息发布工作；承担有关刊物的管理工作。
应急管理处
推动食品药品安全应急体系建设，组织编制应急预案并开展演练；承担重大食品药品安全事故应急处置和调查处理工作，指导协调区县（自治县）食品药品安全事件应急处置工作；拟订食品药品风险监测制度；组织开展授权范围内风险监测工作，统计、分析相关信息，评价食品药品安全质量状况，提出质量安全预警建议；拟订食品药品安全科技发展规划，组织实施食品药品监督管理科技项目。
举报投诉受理处
承担食品药品举报投诉的处理工作；拟订本系统举报投诉办理的相关制度并组织实施；督办食品药品投诉举报的办理、回复；承担行政许可资料审查、受理、流转等工作。
食品生产监管处
承担生产加工环节食品安全监督管理工作；拟订生产加工环节食品安全监督管理的规章制度和具体措施；承担食品、食品添加剂生产许可证管理和保健食品的有关许可工作；参与生产加工环节食品安全风险监测和标准制定。
食品流通监管处
承担流通环节食品安全监督管理工作；拟订流通环节食品安全监督管理的规章制度和具体措施；承担食品流通许可证管理工作；参与流通环节食品安全风险监测和标准制定。
餐饮服务监管处
承担餐饮服务环节食品安全监督管理工作；拟订餐饮服务环节食品安全监督管理的规章制度和具体措施；承担餐饮服务环节食品行政许可管理工作；指导协调重大活动食品安全保障工作；参与食品安全风险监测和标准制定。
药品注册处（中药民族药监管处）
监督实施药物非临床研究、药物临床试验质量管理规范、中药饮片炮制规范；承担药品、药用辅料、直接接触药品的包装材料和容器的注册工作；承担药品再注册以及不改变药品内在质量的补充申请行政许可工作；承担医疗机构制剂注册工作；承担进口药品及进口药材备案工作；组织实施中药品种保护制度。
药品生产监管处
承担药品生产、医疗机构制剂和中药材质量安全监督管理工作；依授权组织实施药品生产质量管理规范和中药材生产质量规范，承担药品生产许可证、医疗机构制剂许可证核发工作；承担麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品和药品类易制毒化学品监督管理工作；依授权承担药品委托生产行政许可工作；组织开展药品不良反应和药物滥用监测、再评价；参与实施国家基本药物制度。
药品流通监管处
承担药品流通环节的监督管理工作，组织实施药品分类管理制度；组织实施药品经营质量管理规范，核发药品批发、零售连锁经营企业许可证；核发互联网药品信息服务和交易服务资格证书；指导农村药品监督网、供应网建设工作；参与实施国家基本药物制度。
医疗器械监管处
织实施医疗器械监督管理法律法规和医疗器械标准、分类管理制度和质量管理规范；承担授权范围内的医疗器械注册相关工作；承担第一类医疗器械生产企业登记和第二、三类医疗器械生产许可审批工作；依授权承担国产第三类医疗器械不改变产品内在质量的变更申请行政许可工作；承担医疗器械生产、经营、使用环节的监督管理工作；依法组织开展医疗器械强制性认证；组织开展医疗器械不良事件监测、再评价。
化妆品监管处
组织实施化妆品有关法规、规章；承担化妆品监督管理工作；负责化妆品行政许可相关事宜；依授权承担进口非特殊用途化妆品行政许可工作；组织开展化妆品不良反应监测、再评价。
机关党委。负责机关及所属事业单位的党群工作；机关党委下设办公室（正处级），承担具体工作。
离退休人员工作处。负责机关离退休人员管理工作，指导所属事业单位和区县（自治县）食品药品监督管理分局的离退休人员管理工作。
直属单位重庆市药品监督稽查总队
重庆市药品监督稽查总队的宗旨是：为人民身体健康提供药品监督稽查保障。主要职责是：根据有关法律法规监督检查药品和医疗器械研究、生产、经营、使用单位的药品和医疗器械质量；受理违法违规案件的举报，对违法行为提出处理意见，实施市食品药品监督管理局的处罚决定；承办市食品药品监督管理局交办的其它工作。
重庆市药品技术评审认证中心
重庆市药品技术评审认证中心的宗旨是：开展药品技术评审认证，提高药品质量。主要职责是：依法开展药品研究、生产和经营等有关规范和规定的技术认证、评审；相关咨询服务；承办市食品药品监督管理局交办的其它工作。
重庆市药品不良反应监测中心
重庆市药品不良反应监测中心（重庆药物滥用监测研究中心）的宗旨是：为确保人体用药安全有效提供药品不良反应监测保障。主要职责是：药品不良反应资料收集、管理和上报，药品不良反应监测交流与合作；药品不良反应监测方法研究，药物滥用监测、研究；承办市食品药品监督管理局交办的其它工作。
重庆医疗器械质量检验中心
重庆医疗器械质量检验中心的宗旨是：为保证医疗器械质量提供检验保障。主要职责是：授权范围医疗器械质量监督检验，医疗器械质量仲裁检验与鉴定，医疗器械产品质量生产许可检验，相关委托检验；相关咨询服务；承办市食品药品监督管理局交办的其它工作。
重庆市药品检验所
重庆市药品检验所的宗旨是：为保证药品质量提供检验保障。主要职责是：授权范围药品和药品包装材料质量监督检验，药品质量仲裁检验与鉴定，药品质量生产许可检验，相关委托检验；药品检验方法与标准手段研究；药品检验技术监督工作协调、指导；收集、整理、综合上报和反馈药品质量信息和分析报告;相关咨询服务；承办上级交办的其它工作。
重庆医药科技学校
重庆市医药科技学校（重庆市食品药品监督管理局教育培训中心）的宗旨是：培养医药技术人才，促进医药事业发展。主要职责是：医药专业中专学历教育，承办全市食品药品监督管理系统人员教育培训，受委托开展相关技术、业务培训，承办市食品药品监督管理局交办的其它工作。
中国药业杂志社
中国药业杂志社的宗旨是：刊载医药文章，促进医药事业发展。主要职责是：编辑、出版发行《中国药业》杂志，广告，相关服务。
万州药检所
重庆市万州药品检验所的宗旨是：为保证药品质量提供检验保障。主要职责是：管辖区域内授权范围药品质量监督检验，药品质量仲裁检验与鉴定，药品质量生产许可检验，相关委托检验；相关咨询服务；承办市食品药品监督管理局交办的其它工作。
涪陵药检所
重庆市涪陵药品检验所的宗旨是：为保证药品质量提供检验保障。主要职责是：管辖区域内授权范围药品质量监督检验，药品质量仲裁检验与鉴定，药品质量生产许可检验，相关委托检验；相关咨询服务；承办市食品药品监督管理局交办的其它工作。
永川药检所
重庆市永川药品检验所的宗旨是：为保证药品质量提供检验保障。主要职责是：管辖区域内授权范围药品质量监督检验，药品质量仲裁检验与鉴定，药品质量生产许可检验，相关委托检验；相关咨询服务；承办市食品药品监督管理局交办的其它工作。
黔江药检所
重庆市黔江药品检验所的宗旨是：为保证药品质量提供检验保障。主要职责是：管辖区域内授权范围药品质量监督检验，药品质量仲裁检验与鉴定，药品质量生产许可检验，相关委托检验；相关咨询服务；承办市食品药品监督管理局交办的其它工作。
所获荣誉
2021年6月25日，重庆市食品药品监督管理局人事处党支部被表彰为“市直机关先进基层党组织”。