金森长近的家族出自室町幕府时期美浓国的守护
土岐氏的支流,曾祖父是曾活跃于
应仁之乱中的美浓守护土岐成赖。土岐成赖之次子大畑定赖因船田合战之功领有美浓多治见郡大畑,其子定近此后又因为支持土岐赖武而被
土岐赖艺一派排挤,被迫迁居
近江国金森村(实为
净土真宗本愿寺派道场所属的
寺内町都市,而非依靠农业生产的乡村),因此以金森为苗字。
定近即为长近之父。一说江户初期撰写《醒睡笑》、被视为落语之祖的
净土宗僧人安乐斋策传为长近之弟,但二人年龄相差三十岁,恐为后世假托。
金森长近于十八岁时离开金森前往
尾张出仕信秀,信秀死后则转而侍奉织田信长。因美浓攻略时期的战功而拔擢为赤
母衣众,在信长时代最著名的战功是为长筱合战与
酒井忠次一道率领铁炮队奇袭鸢巢山。后来因越前
一向一揆镇压作战期间的活跃而拜领
越前国大野郡,继而从属于
柴田胜家节度之下。同年升任正四位下兵部卿。
天正10年(1582年)二月,织田信长以朝廷名义授予金森长近从四位兵部大辅的官位。六月,
本能寺之变期间,长近的长子金森长则被明智家党徒所杀,迫使长近不得不寻找长屋
景重之子可重收养为养嗣子继承家门。贱岳合战时长近从属于柴田胜家,但在柴田败死之后主动剃度投降,得到丰臣秀吉的赦免,作为秀吉在北陆地方的扈从军之一参与了小牧长久手、富山等战役。
天正13年(1585)奉命讨伐曾经与
佐佐成政联合的
姊小路赖纲,在赖纲本人投降之后通过调略迫使坚持抵抗的赖纲之子秀纲等一门战败自杀,因功受封飞驒一国。按照《太阁军记》记载,在丰臣政权内担任御伽众,同时也是著名的文化人,在后世茶道书中被算入利休十哲。在飞驒一国废除
姊小路家之松仓城,另外修筑
高山城为基地,成为此后飞驒的中心城池。
关原合战时投靠东军、进攻
郡上八幡城,因而加封
美浓国上有知藩18000石(原领主佐藤秀方因为投奔西军而遭到改易)以及
河内国金田3000石。晚年将高山城交给养嗣子可重,独自经营上有知一带的小仓山城,通过发展
内河航运、造纸和林业扩张城下町,形成沟通飞驒与美浓的重要口岸。