长江南京航道工程局，隶属于交通部长江航道局，是一家国有大型水运施工企业。

长江南京航道工程局，隶属于交通部长江航道局，是一家国有大型水运施工企业，具有建设部首批颁发的航道工程、河湖整治工程专业承包一级资质，拥有国家商务部（原外经贸部）授予的对外经济技术合作经营权，通过了ISO9001∶2000、ISO14001∶2004以及ISO28001∶2001三个体系的认证。持有中国建设银行颁发的“AAA”资信等级证书，连续多年被省、市政府评为“AAA级重合同守信用企业”，2007年被国家工商总局评为“全国守合同重信用企业”。企业注册资金3.2亿元人民币，固定资产逾15亿元人民币，年产值近16.7亿元人民币。

长江南京航道工程局拥有荷兰、日本和我国自行建造的大、中型自航耙吸式、绞吸式、链斗式、抓斗式挖泥船、吹泥船等疏浚、吹填类工程船舶十六艘，为疏浚、吹填工程配套使用的辅助船舶40余艘，以及排泥管线等配套设备。主要承接沿海、内河航道及港口的疏浚、整治、开挖清淤、吹填造地（含围堰）、水下炸礁、清障、修筑堤坝、水陆域测量、打捞救助等工程以及船舶修理、排泥管线建造等业务。

在建设长江黄金水道的国家战略实施之中，长江南京航道工程局积极参与了长江南京以下12.5米深水航道一期工程整治建筑物工程通州沙I标段 、浦东机场外侧滩涂-3#围区圈围工程等多项国家重点工程建设。我局立足于“服务长江水运 服务沿江经济 服务流域百姓”的宗旨，倡导“人文人本·忠诚真诚”的文化品牌和理念，广泛参与了航道维护以及河床整治、丁坝修筑、堤岸加固、航道及码头工程建设工作，在世界货运最繁忙的长江下游800多公里（江西、安徽、江苏、上海）主航道上，确保了黄金水道的安全、高效、畅通，为中国水运建设事业和沿江经济发展作出了重要贡献，树立了良好的社会形象。

长江南京航道局下设25个航道管理处。其中7个全能航道管理处（九江航道管理处、安庆航道管理处、芜湖航道管理处、南京航道管理处、镇江航道管理处、扬中航道管理处、上海航道管理处），18个非全能航道管理处（太仓、海门、南通、常熟、张家港、江阴、泰州、二桥、大胜关、马鞍山、新港、铜陵、池州、太子矶、东流、彭泽、湖口、武穴）。4个机关直属单位（航道行政管理处及航道行政执法支队、离退休职工管理中心、机关事务服务中心、档案管理中心）。局机关设置11个职能部门，即局长办公室、规划基建处、财务处、人事劳动处、航道处（航道测绘管理处）、设备处、安全保卫处（人民武装部）、科技信息处、党委办公室、纪检监察办公室、工会办公室。

长江南京航道局是具有行政管理职能的公益性事业单位，负责长江干线浏河口至上巢湖818.6公里航道的规划、建设、管理、养护工作。具体职责：

一、贯彻落实国家有关交通运输行业的法律法规、方针政策及长江航道局发展战略；

二、负责参与制订辖区航道建设发展总体规划和中长期发展规划，编制和上报辖区航道养护生产的年度计划；

三、负责辖区航道养护性疏浚及相关整治工程的协调与配合工作；

四、负责辖区航道、航标的养护与管理和航道测绘管理以及航道整治物的维护管理工作；

五、负责辖区航道、航标及其设施的保护；负责或参与辖区内与通航有关设施通航论证、标准和技术要求的审查；负责辖区专设航标的行政许可；对辖区破坏航道、航标及其设施的行为进行管理；负责辖区航道行政管理工作及现场执法活动；

六、负责辖区航道技术研究和航道演变分析工作；

七、负责单位劳动工资、机构编制、人员管理工作；负责单位改革、法制建设工作；负责单位国有资产管理、财务管理和审计监督工作；负责单位的安全监督工作；负责科技管理工作；

八、负责单位精神文明建设、党组织建设、廉政建设工作；负责单位工会、共青团等群团工作。

九、完成上级交办的其他工作。

长江南京航道局的前身为长江航道局南京航道分局。1996年6月28日，依据长江航道管理体制改革方案，长江航道局在宁开会宣布，南京航道分局实行疏养分管，单位一分为二，原南京航道分局更名为“长江南京航道局”，同时新成立“长江南京航道工程局”。7月1日，双方正式分开运作。8月8日，两局在南京金港大酒店同时举行揭牌仪式。

南京航道局“三为”方针：一为国家做贡献，二为单位求发展，三为职工谋利益。

航标灯精神：勇于吃苦敢于拼搏勤于创新甘于奉献

长江航道精神：团结诚信奉献卓越；

核心价值观：一切为了畅通；

使命追求：开辟美好生活新航道；

共同愿景：当负责任护航使者，做可信赖水工专家；

服务宗旨（三个服务）：服务长江水运服务沿江经济服务流域百姓；

战略目标（四个航道）：建设畅通航道、数字航道、文明航道、和谐航道；

经营方略：以发展促和谐，以和谐促发展，在又好又快的发展中建设和谐长江航道；

成长之道：乐业、敬业、勤业、精业、成业；

道德准则：忠诚事业、敬业爱岗、遵章守纪、至诚至信、团结和睦、文明友善、勤俭节约、乐于助人。

2021年6月29日，中共南京市委表彰长江南京航道工程局党委为“南京市先进基层党组织”。

2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。

2022年6月21日，入选2022年江苏省省级建筑业企业技术中心拟认定公示名单。