长江科学院水土保持研究所成立于2003年7月，是水利部在中国南方唯一的专业性水土保持研究所，中国水土保持学会理事单位，中国水土保持学会滑坡泥石流、水土保持规划设计、水土保持科技协作、水土保持监测专委会委员单位，中国土壤学会土壤侵蚀与水土保持专业委员会委员单位，中国南方水土保持研究会理事单位，湖北省水土保持学会副理事长单位，湖北省水土保持学会科学技术委员会主任委员单位。

研究所下设土壤侵蚀研究室、环境生态与防灾减灾研究室、工程水土流失与防治研究室以及综合经营办公室。目前已形成以教授、高工、博士、硕士等组成的高素质的科研团队，其中，硕士以上文凭技术人员占全所总人数的80%以上，博士占45%以上。建设有水土流失模拟实验厅，土壤与生态分析实验室，水土流失数字化实验室，沌口科研基地内建设有水土保持中心实验室，商南秦巴山区南水北调水源区建设有野外观测站及宜昌前坪水土流失控制技术示范推广基地，受国务院三峡建设委员会委托，在长江上游典型区域贵阳、毕节、宜宾建设有小流域水土流失与面源污染观测站。

包括区域土壤侵蚀规律，流域侵蚀产沙与调控，区域环境与防灾减灾，流域水土保持措施体系及配置模式，流域生态环境与修复，工程水土流失及防治以及数字化水土保持及信息化等。目前，在南方土壤侵蚀规律、山洪灾害、工程水土流失规律及防治等方面取得了一定重要成果。

国家科技支撑项目“坡地高效生态农业的基础设施配套技术研究”；“973”项目“中国主要水蚀区土壤侵蚀过程与调控研究”中专题“紫色土区水土流失综合调控原理与治理范式”与“区域水土流失影响因子定量表征”；欧盟第七框架合作研究“土地退化与荒漠化防治措施评价”；国家自然科学基金“紫色土坡耕地壤中流养分输出机制及模型研究”以及“三峡库区坡面多尺度植被格局对水土流失的影响机制”；水利部公益行业科研专项“汶川地震区新生水土流失环境效应分析研究”、“开挖面水土流失量测算模型及其关键参数研究”与“紫鹊界梯田原生态自流灌溉系统机理与保护措施研究”；水利部科技推广计划项目“南水北调中线水源区小流域生态修复技术的推广应用”；长江水利委员会项目“滑坡泥石流预警关键技术研究”、“滑坡泥石流风险评估技术研究”、“红壤丘陵区水土流失综合治理技术标准”、长江流域三峡库区尼洋河、洞庭湖、雅鲁藏布江水土保持规划；交通、电力、石油等领域开发建设项目水土保持方案与监测等工作。