间接经济效益指从全局出发间接引起的正、负效益。例如：为其他部门和企业提供便宜的原材料、半成品、生产设备和动力等;代替出口，增加职工就业;改善职工住房;增加交通运输能力;疏通河道，防汛排涝;或增加污染，消耗环保费用;引进其他企业产品降价、减少利润……等。这类指标的定量，与项目的类别、生产方式和市场条件等密切相关，应当根据具体项目作具体分析。例如评价某河道两岸交通方式的经济效益时，不仅需要评价架设桥梁方案、设计码头的船运方案以及水下隧道方案本身需要的投资费用，直接收回的费用等直接贡献，同时应计算占用土地或农田的损失效益，有关交通部门的受益和建筑部门的受益等等，从而综合分析国家所获的总效益。
直接经济效益是企业直接得到的，并能直接计量的经济效益，间接经济效益是企业不能直接得到、不能直接计量，而给予社会、给予其他企业的经济效益。提高
企业经济效益，不仅要考虑本企业直接得到的
经济效益，而且要考虑是否有利于提高其他企业的经济效益，是否有利于解决就业、环境污染等社会问题。因此，开展经济效益审计，评价企业经济效益，不能只看直接经济效益，必须把直接经济效益和间接经济效益统一起来，才是全面的。