长乐闽江河口湿地省级自然保护区坐落于福州市的长乐区和马尾区境内，位于长乐东北部和马尾区东南部交界处闽江入海口区域。地跨长乐的潭头镇、文岭镇、梅花镇和马尾区的琅岐镇计4个镇12个行政村。保护区总面积3219公顷。长乐闽江河口湿地省级自然保护区主要保护对象为重点滨海湿地生态系统、众多濒危动物物种和丰富的水鸟资源。属海洋与海岸生态系统类型（湿地类型）自然保护区。

2001年长乐市人民政府批准建立了鳝鱼滩自然保护小区。

2003年进行扩区，经长乐市人民政府批准建立了长乐闽江河口湿地县级自然保护区，面积2921公顷。

2006年长乐市和马尾区人民政府作出决定，以长乐闽江河口湿地县级自然保护区为基础进行重新规划，共同申报。

2007年，经福建省政府闽政文 [2007]426号批准正式建立福建长乐闽江河口湿地省级自然保护区，总面积3129公顷。

长乐闽江河口湿地省级自然保护区地理坐标为：东经119°35′51″～119°41′12″，北纬26°01′07″～26°04′ 34″。

长乐闽江河口湿地省级自然保护区以河口浅滩为主，由鳝鱼滩和周边潮间带、河口水域组成，是闽江河流自上游搬运来的泥沙在梅花水道中淤积而形成的河口浅滩。

长乐闽江河口湿地省级自然保护区属南亚热带海洋性季风气候区，温暖湿润，几乎无冬。鳝鱼滩及附近浅滩分布区是福建省“十大浪区”之一，终年多为大风，大部分时间刮“向岸风”(北东向风和北北东向风)。鳝鱼滩所在地区的闽江河口呈喇叭状，具备了风暴潮增水的良好条件。潮汐基本上为正规半日潮，涨落潮历时基本相等，比值为1:1.15。

长乐闽江河口湿地省级自然保护区湿地类型丰富，包括河口水域、潮间带沙滩、潮间带泥滩、潮间带盐沼、红树林沼泽、岛屿、河口三角洲等类型，其中潮间带泥滩面积最大。保护区土壤主要分布有潮土、风沙土、盐土等土类。

长乐闽江河口湿地省级自然保护区主要保护对象为重点滨海湿地生态系统、众多濒危动物物种和丰富的水鸟资源。属海洋与海岸生态系统类型（湿地类型）自然保护区。

长乐闽江河口湿地省级自然保护区在植物地理上属冷北极植物区系与古热带植物区系的过渡带，处于中国—日本森林植物亚区的华南地区。主要植被类型包括红树林、滨海盐沼、滨海沙生植被 3个植被型，有秋茄群落、木麻黄群落、厚藤群落、苦郎树群落、铺地黍群落、中华结缕草群落、芦苇群落、短叶茳芏群落、藨草群落、互花米草群落等11个群系。

现已初步查明有维管束植物52科112属137种，其中蕨类植物7科7属8种，被子植物45科105属129种。红树植物1科1属1种；盐沼植物14科22属23种；沙生植物37科89属113种。湿地上生长的维管束植物主要有秋茄、芦苇、短叶茳芏、藨草、卡开芦和互花米草等。

①长乐闽江河口湿地省级自然保护区动物地理区系属东洋界华南区闽广沿海亚区闽沿海地带滨海亚带。已查明区内分布有野生脊椎动物5纲41目111科394种，其中哺乳纲3目5科7种、鸟纲19目53科265种、爬行纲2目4科8种、两栖纲1目2科3种、鱼类16目47科111种。

②列入国家重点保护的野生动物有54 种，其中国家一级重点保护的有中华白海豚、中华鲟、中华秋沙鸭、白肩雕、遗鸥等5种，国家二级重点保护的有赤颈鸊鷉、白鹈鹕、卷羽鹈鹕、褐鲣鸟、黄嘴白鹭、白琵鹭、黑脸琵鹭、小天鹅、小杓鹬、黑嘴端凤头燕鸥、江豚、蠵龟、绿海龟、棱皮龟、玳瑁、花鳗鲡、黄唇鱼等49种。列入国际自然和自然资源保护联盟(2003)名单中有21种，其中极危物种3种，濒危物种11种，易危种7种。属于中日候鸟保护协定保护物种有142种，中澳候鸟保护协定物种有56种。列入福建省重点保护的野生动物有44种。

长乐闽江河口湿地省级自然保护区内水生生物资源也非常丰富。在553种水生无脊椎动物中，底栖动物和潮间带生物268种；浮游植物147种，其中硅藻118种；浮游动物116种，其中水母类37种，桡足类51种；游泳动物22种，其中甲壳类20种，头足类2种。

（以上数据截止到2011年）

2008年经福州市编办批准，长乐闽江河口湿地省级自然保护区成立了正科级事业单位的管理机构，编制5人。

2010年为加强长乐闽江河口湿地自然保护区自然环境和自然资源的保护与管理，根据《中华人民共和国自然保护区条例》和湿地保护相关法律、法规，结合实际情况，制定《长乐闽江河口湿地自然保护区管理办法》。

长乐闽江河口湿地省级自然保护区先后接待前来考察、研究、教学实习的专家、学者、大中专学生及青少年夏令营师生近2000多人次，并受到包括港、澳、台等地越来越多的社会各界人士关注，较好地发挥了自然保护区作为科研、教学培训和科普教育基地的作用。

闽江河口湿地自然保护区属湿地类型自然保护区，以河口浅滩为主，由鳝鱼滩和周边潮间带、河口水域组成，是闽江流域多年沉积形成的大片潮间沙滩和泥滩。是福建省最优良的河口三角洲湿地，最具典型性的滨海湿地生态系统，是亚热带地区典型的河口湿地，在东洋界华南区具有重要的代表性。闽江河口湿地自然环境优越、生物多样性丰富、稀有物种众多，有5项指标达到国际重要湿地的标准，自然综合体具有很高的保护和科学研究价值，同时也具有巨大的生态旅游潜力。