在1853年,Johann Andreas Wagner将这些化石命名为鱼龙属的一种(Ichthyosaurus leptospondylus)。之后,这些化石经历复杂、曲折的分类历史。这些化石先后被命名为I. trigonus posthumus、以及Macropterygius与短鳍鱼龙的一个种。
在2000年,Bardet与Fernandez发现Macropterygius的正模标本缺乏可鉴定特征,状态为疑名。唯一已被研究过的化石,已在
第二次世界大战时被轰炸摧毁,因此他们将一个私人收藏的完整化石,选定为这个种的新模式标本。除此之外,还将另一个收藏于慕尼黑归类于这个种。Bardet与Fernandez认为这些化石足以建立为新属,并命名为阿戈尔鱼龙(Aegirosaurus leptospondylus)。属名来自于条顿神话中的海神
阿戈尔。
阿戈尔鱼龙属于
大眼鱼龙科,是大眼鱼龙的近亲。近年的
亲缘分支分类法分析,发现阿戈尔鱼龙是Sveltonectes的近亲,可能还有Undorosaurus。短鳍鱼龙与Maiaspondylus也属于这个小型演化支,都属于大眼鱼龙科的
扁鳍鱼龙亚科,是大眼鱼龙亚科的姊妹分类单元。
阿戈尔鱼龙的化石发现于德国巴伐利亚的上侏罗纪提通阶地层。它们的化石被发现于索伦霍芬石灰岩地层,当地也出产一些著名化石如
始祖鸟、
美颌龙、以及
翼手龙属。