院政时代（いんせいじだい）是指日本历史上推行院政的时代，从应德三年（1086年）白河天皇退位开始；但如果从接续摄关时代的意义来说，则从治历四年（1068年）后三条天皇即位开始，后者被普遍采用。而其终结时间，或者是保元元年（1156年）鸟羽天皇崩御，或者是建久三年（1192年）后白河天皇崩御，但如果从其时代特质出发，则应以承久三年（1221年）承久之乱后后鸟羽天皇被废为终点。虽然此后院政仍在名义上存在，但不再称为“院政时代”。

院政时代前期的倾向由来于院政成立的情况。后三条天皇作为没有藤原氏外戚的天皇而即位，打破醍醐天皇以来的惯例，注意于摄关势力的掣肘。他起用出身王族的村上源氏，迎合苦于摄关领地向全国扩大的受领阶层的意向，强力推行庄园整理令，进而很早就将皇位禅让给白河天皇，并将母亲出身源氏的第二、第三皇子预定为东宫，以防皇位落入母亲出身藤原氏的皇族。后三条天皇驾崩后，白河天皇出于将皇位传给自己子孙的私心，实现了院政。因此这种政治不够光明正大，是随意的、颓废的。不过，院厅专制招来了天皇和摄关的反弹，聪明的堀河天皇逃到管弦，关白藤原忠实退居宇治。

白河上皇将受领阶层作为院厅专制的经济基础，继承后三条天皇的庄园整理方针，受领阶层以此为背景，加强对庄园的抑制，但受到激烈的抵抗，尤其是以宗教权威为背景的寺社，以南都北岭为主的神人、大众的强诉频繁发生。针对反抗的宫廷贵族和寺社强诉，白河天皇采取武力，利用武士，排挤源满仲以来充当摄关家走狗的源氏，起用伊势平氏。在白河上皇周边，聚集了一帮在律令秩序下不得志的中流以下的贵族、学者和出身不详的野心家，他们得到白河上皇的宠幸，作为院厅的近臣而得势，恐吓摄政、大臣。

接下来的鸟羽天皇尽管是白河天皇的直系孙子，但也被强制让位，所以他一反白河院政，招来已经引退的前关白藤原忠实，联手合作，放弃庄园整理政策，反之推行新庄兴立，开启了院厅成为凌驾于摄关家之上的大庄园领主的端绪。藤原忠实也趁机扩大摄关家领，并成功将其重组。在这一时期，排除国司的支配，急速推进领主化。鸟羽院政的这种反白河策略在宫廷和摄关家内部造成分裂，最终引发保元之乱和平治之乱。

保元之乱后，后白河天皇短暂亲政，两年后又开启后白河院政。当初，藤原惟宗等曾发动二条天皇亲政运动，但受到掌握平氏武力的院厅的镇压而失败。但决定平治之乱的胜利的平清盛急速进入政界，后白河院政虽然成为反平氏势力的据点，却被掌握武力的平氏压倒，就连后白河上皇本人都一度被幽禁于鸟羽离宫。作为平氏傀儡的高仓院政登场，但后白河上皇又因治承之乱而东山再起。后白河上皇利用平氏和源氏的对抗，图谋分裂武家势力，最后操纵源赖朝、源义仲、源义经等，谋求分裂源氏势力和保持院厅专制。但他设置守护、地头，在东国承认在厅官人的进止权，甚至无法拒绝源赖朝推荐的九条兼实出任关白。

后白河法皇崩御后，九条兼实趁着院政空白期，任命源赖朝为征夷大将军、罢免后白河法皇的近臣、没收院领。但随着后鸟羽天皇的院政开始，排除逼迫朝廷的关东权力与夺回被幕府攫取的政权成为最大的课题。后鸟羽上皇以村上源氏土御门通亲为近臣，在这对君臣的策划下，九条兼实下台，并新设西面武士，强化院厅的武力，培养军事力量。源实朝死后，源氏将军的后嗣断绝，后鸟羽上皇判断武士有所动摇，便举兵讨幕。然而关东武士的团结出乎意料地坚固，后鸟羽上皇一方完全败北，以后鸟羽上皇被流放隐岐、顺德上皇被流放佐渡告终，时为承久三年（1221年）。

正如11世纪末到13世纪初的日记所见到的“下克上”这种词汇所显示的那样，院政时代的政治情势可以说是以社会大变动为背景的日本历史上“下克上”的第一期。在贵族社会中近臣得势，就是贵族社会内部的下克上，而决定性的下克上则是武士的勃兴。虽然武士的活跃在摄关时代就已经开始了，但经过院政时代的过程，在他们周边集结了庄园公领内的名主层和全国的开发领主层，形成了武士团，这种武士的栋梁起初当了上皇和摄关家的雇兵队长，培植了自己的武力，最终贵族内讧的解决也只能依靠他们的武力，然后他们开始与本来是主人的贵族平起平坐，主从关系转换为主客对等的地位，武家政权就这样出现了。但在院政时代，贵族依然为主，武家依然为客，两者反转是在承久之乱以后。