非同义突变指可导致多肽产物的氨基酸序列改变或功能性RNA碱基序列改变的基因突变。这种突变虽可能对表达产物没有影响或可能会带来好处，但多数是有害的，甚至是致命的。（张林）
不导致
氨基酸改变的
核苷酸变异我们称为
同义突变，反之则称为
非同义突变。一般认为，
同义突变不受
自然选择，而
非同义突变则受到
自然选择作用。在进化
分析中，了解同义
突变和非同义
突变发生的
速率是很有
意义的。常用的
参数有以下几种：同义突
变频率(Ks)、非同义突
变频率(Ka)、非同义
突变率与同义
突变率的比值(Ka/Ks)。如果Ka/Ks＞1，则认为有正
选择效应。如果Ka/Ks=1，则认为存在
中性选择。如果Ka/Ks＜1，则认为有纯化
选择作用。