幕末的1861年7月24日，饭岛魁出生于浜松城下的一个
武士家庭。
明治初期的1878年，饭岛魁从东京开成学校毕业后成功升入
东京帝国大学理学部生物学科学习
动物学。
在东京帝大学习期间，饭岛魁师从当时东京帝大聘请的美国
外教Edward Sylvester Morse与Charles Otis Whitman两位动物学大师。
饭岛魁后顺利从东京帝国大学毕业，并前往
德国莱比锡大学留学，并师从德国著名
动物学家Rudolf Leuckart，是为日本当时最早的动物学
留学生。在留学期间，饭岛魁与同在
莱比锡大学留学的
森欧外交往密切。
1912年5月3日，日本鸟学会创立，饭岛魁担任首任
会长。
在对广节裂头绦虫的
感染源研究之时，饭岛魁试着吞下了它的幼体，通过在自己体内的观察明确了人体内幼虫发育为母虫的事实。
当时还身为东京帝大学生的饭岛魁，在恩师
外教Edward Sylvester Morse的带领下第一次进行了
考古学的实践，参与发掘调查了著名的大森
贝冢。其后的1879年，他与同学佐佐木忠次郎又发掘调查了著名的陆平
贝冢，并发现了与之前的大森
贝冢不一样的
绳文时代的土器。
《动物学提要》 1918年出版 囊括了日本明治·大正时期建立的
动物学知识，对日本动物学普及贡献极大
日本
昭和前半时期为止的的动物分类学者(昆虫学者之外)中大半都或多或少受到过饭岛魁学术理论思想的熏陶。