马佳氏以地为名。原氏族起源地“嘉里库马佳”。《
八旗满洲氏族通谱》卷七记有：“马佳，本系地名，因以为氏。其氏族散处于绥芬、马佳及各地方”。位于今黑龙江
牡丹江一带。该氏族随军入关后少部分为官，大部分经商。本氏族起先多为
镶黄旗和
正红旗，入关后部分分支被封为
正黄旗。
据《马佳氏谱书》族源记述：“原夫我远祖，所自出实与费莫氏之先，同属一源。会遭家难，播迁于嘉理库马佳地方，因以为氏”。从上述记载中可以看出，历史上女真人马佳氏这一姓氏的出现，是由宗族遭受灾难而拨出一支择地另居后产生的。
入关后满族同化了部分马姓氏汉人，并授予其
旗人身份。此类
满族姓氏非原马佳姓氏，可以根据该氏族祖上属于哪一旗下来区分。
马穆敦之次孙，三世二祖穆克善曾孙赫东额位下的部分后裔。《通谱》卷之七载：“赫东额镶黄旗人，世居马佳地方，国初同亲弟尼玛禅率满洲五十五户来归，赫东额授为扎尔固齐，尼玛禅授为备御……赫东额之子雅希禅以来归功，授骑都尉，寻掘扎尔固齐，编佐领，令其子恭兖统之”。在萨尔浒之战中，雅希禅“鼓勇当先，遂获全胜”。②《满洲名臣传》卷六雅希禅列传：“从征明，战于界凡，先泉克敌，复击明总兵马林于尚间崖，破其中坚”。《盛京通志》也有类似记载。《清史稿》列传十四雅希禅传：“(雅希禅)天命八年(1622年)从贝勒阿巴泰等伐扎鲁特部，……寻卒”。当时太祖尚未迁都沈阳。但据《清史稿》列传二十四孟乔芳传附载：“张文衡，辽东开平卫人，明诸生。天聪八年闰八月，太宗自将伐明，入宣府，文衡自大同诣军前求见……九年正月，复疏策进取。……上授文衡秘书院副理事官，赐田宅、银币，以大臣雅希禅女妻焉，隶镶黄旗汉军”。《盛京通志》载：“雅希禅慕在盛京（沈阳）东北曾家屯。可知其后裔当时居住在沈阳。参照史志，寻询族人，得知在顺治初年，这支族人除承袭雅希禅世职的嫡系子孙，和部分族人“从龙入关”之外，还有一部分族人，如雅希禅二弟硕色、三弟吾泰的后裔，仍留居在沈阳城及城北小羊河附近。后来硕色的长孙依泰的后裔，迁居到辽中县内马家窝棚、朱家岗子，黄旗堡等村屯，务农牧马。现在这几个村里还有几百名族人，大部是务农。硕色之孙那海一支则迁移到本溪市郊区姚家湾子(今姚家村)，现多数务农从工，约有二百人左右，少数在本溪市内工作和迁往外地。
马穆敦之三孙三世三祖奇普图曾孙珂库噶哈位下的部分后裔，珂库噶哈有七子，以战时作，与其第四子农岱留守沈阳，殁后赐祭田一百五十亩，葬于怀远门外。在《沈阳县志》的地图上为大西边门外南孤家子“马氏坟园”。农岱殁后亦葬于墓侧。珂祖虽有七子，但其后裔有的分入外旗，有的至十一世以后末续载而失考，只有农岱一支后裔留居沈阳，农岱有二子十五孙，长子查桑阿任协领有三子。其长子奇充额任防守御，无嗣；次子哈什泰任金州佐领，三子和尔敦后裔在新民县。哈什泰次孙罗多礼之四子升寅。以考中七品小京官由旗籍沈阳进京，官至礼部尚书谥勤直，家属于乾隆年闻迁京。韬髑簪缨相继。罗多礼孙宝元位下的子孙，有的出任兴京、辽阳等地防御，多为外任官，因此俗称“外三门”，实际只余二支(两门)族人，哈什泰后裔的茔墓在沈阳城西北小转湾桥。和尔敦一支后裔在新民县。农岱的次子常署，有十二子，俗称“十二门”。十二子中的苏拉臣、锡臣、都勒都、锡钦四支无嗣，另外德钦、哲饮、托锦三支后裔几代之后未续载，实际上只余衣力布、成格、博尔敦、关寿、七星保五支后裔在沈阳。所以农岱位下的十五孙枝中，存续的只有七支人。其中除和尔敦一支在新民县之外，其余大部分居住在沈阳城内及近郊，随着康乾盛世，偃武修文，马佳氏先人们离开了戎马生涯，又以吏治文章有名于时，在盛京服官者甚多，少数族人在城东、城南、城西、北郊区务农，相互往来，第十四世绍字辈堂兄弟七八人，家道殷实，戚友贵显，本身也袭职出仕。据说每家都养菊花青大骡子拉的大鞍车，住在大小南关一带，联辔出门就占半趟街，清代的《沈阳百咏》中载当年沈阳旗人大办丧事的场面：刍灵铙鼓的婆娑，压路幡随开道锣，待数红牌认金字，官衔还属马家多。原注：俗尚体面，城居故多旗人，丧事家每树压路幡，殡期刍灵铙鼓竟送。又好用官衔红牌书族中及先辈历仕官阶科第，惟马佳氏为盛，他族不能及也”。于此可见当时马佳氏门第之盛。在大小南关，东关的旧宅已所剩无几。常署后裔茔墓在城东赵家沟，距福陵不远，清初多为勋臣葬地。
同族异祖斯玛祖位下郎塞一支的后裔，郎塞老谱作郎色，也是第六世。同载于《通谱》卷之七马佳氏卷：“郎塞。镶蓝旗人，世居马佳地方。国初同亲弟郎吉达来归，郎塞授为骑都尉，郎吉达授为佐领”。据《斯玛谱单》“朗色巴图鲁公一等候，祖坟在盛京西喜台”。朗色有十四子，三子“新察，盛京副都统，祖茔在盛京西喜台”。新泰有八子，五子“印图，随毕王至盛京，又率其子至凤凰城任城守尉，印图长子托色仍留在盛京任户部员外部，驻防北大涯祖茔在盛京西喜台”，西喜台即现在沈阳市西北于洪区的红旗台。现在红旗台村中还有一通仆卧无座的石碑，有人用它拌水距，字迹已经不清。这道碑是康熙六年三月辛豢（却新泰）为其父朗色树立的诰封碑，碑阴还有辛泰（邸新泰）和银兔（即印图）等字样。此变族人除了朗色之三子阿音布后裔霍勒浑一支进京袭职，以及一部分族人入关之外，其中印图位下大部分后裔居柱在风凰城（今凤城满族自治县）及夫东沟（今东沟县）境内，有几百人。通过访问和核对各支《谱单》得知：居住在红旗台的族人，是新鬃的第五子印图之孙武勒德、福增额两支，和新泰的第六子玛主图之孙七十六一支，这三支人现约二百人左右，大部分从工务农，小部分在市内和外埠，祖茔原在红旗台村外，已无。