马玉银教授主要从事水稻遗传育种方面的研究，获得国家重大科技专项“生物芯片”和“长三角两省一市联合科技攻关”项目的资助，开展了水稻中两个与
株高、粒形有关基因的研究，研究结果对提高水稻产量和提供新的水稻种质资源有一定的价值。主持一项
江苏省自然科学基金“水稻高育种价值卷叶基因的鉴定、
克隆和功能解析”，并获
扬州大学植物功能基因组学教育部重点实验室资助；参加一项
国家自然科学基金“叶肉细胞特异表达焦磷酸化酶对水稻超高产育种效应的研究”；主持一项江苏省现代教育技术研究“十一五”规划2008年度立项课题“遗传学教学软件的开发应用”。在国外SCI期刊、国家权威期刊和中文核心期刊上发表研究论文20余篇，在
省级期刊上发表教学论文2篇。申请专利1项。