马蒂亚斯是神圣罗马帝国皇帝、匈牙利国王和波希米亚国王。其兄长鲁道夫二世在位期间，发动了对土耳其的“漫长的战争”，并赋予信奉新教的波希米亚和西里西亚贵族以宗教信仰自由和特权，这一举动成为了后来1618年开始的三十年战争导火索。

马蒂亚斯出生于奥地利的首都维也纳，是神圣罗马帝国皇帝马克西米利安二世和西班牙的玛丽亚的第四个儿子。他的兄弟有鲁道夫（后来成为鲁道夫二世皇帝）、奥地利的恩斯特、马克西米利安三世、阿尔布希雷特（托莱多大主教，后来成为尼德兰总督阿尔布雷希特七世）和文策尔大公（卡斯蒂利亚马耳他教团的大主教）。他还有六个姐姐。通过姐姐安娜的婚姻，他与西班牙国王费利佩二世有亲密的关系（他也是马蒂亚斯的亲舅舅），他的另一个姐姐伊丽莎白与法国国王查理九世结婚。他的一位老师是作家兼历史学家奥吉尔·吉斯兰·德布斯贝克（Ogier Ghislain de Busbecq）。马克西米利安二世死后，王室的财产和财产全部转移给了鲁道夫，他的兄弟们——包括马蒂亚斯——得到了一定的补偿，比如现金、养老金和任命教会或国家职位。马蒂亚斯迎娶了蒂罗尔的安娜，安娜是他的叔叔奥地利的斐迪南二世大公的女儿，由于斐迪南二世没有合法的男性后代，所以当他去世后，马蒂亚斯通过妻子成为了他的继承人，这段婚姻没有幸存的子女。

1578年，马蒂亚斯受叛变省份的州总司令的邀请来到尼德兰，并被邀请担任总督一职。1576年，马蒂亚斯在雷根斯堡帝国大厦与荷兰各省特使戈蒂埃·冯·德格拉赫特（Gautier von der Gracht）取得了联系。阿肖特公爵菲利普三世和一个相当温和的政党的其他代表同意马蒂亚斯，违背他的舅舅西班牙的费利佩二世的意愿，在鲁道夫二世皇帝不知情的情况下，任命他为尼德兰总督。尽管这一职位没有得到费利佩二世的承认，但是马蒂亚斯还是接受了任命。他制定了大部分省份的宗教和平规则。马蒂亚斯继续担任叛军的名义总督，直到他们罢黜费利佩二世并于1581年宣布完全独立，在这一时间点上，他回到了奥地利。

1583年他回到奥地利并在林茨定居。他几次试图当选为主教，但都没有成功（明斯特、列日、斯派尔）。1586年，继承波兰王位的谈判同样失败。他还申请了蒂罗尔和奥地利的摄政权。直到他的兄弟恩斯特在1593年被任命为尼德兰总督（从1594年开始统治），马蒂亚斯才得以确保对奥地利的统治。

他立即面临着在新教宫廷中大力倡导他们的宗教权利的挑战。长期的土耳其战争导致的高税收和军队的增加加剧了这些问题。在1595年和1597年，上奥地利和下奥地利的农民起义，希望与皇帝谈判。马蒂亚斯迫使叛乱分子向雇佣兵投降。

起义平息后，马蒂亚斯的宗教政策发生了变化。如果以前他的宫廷里有新教徒的话，他现在就走上了严格的反宗教改革的道路。自1599年以来，他的大臣一直是主教兼维纳·纽施塔特（Wiener Neustadt）的行政长官梅尔基奥尔·赫勒（Melchior Khlesl），也是反改革运动的支持者。皇帝在1594/95年和1598/1600年分别任命他为土耳其战争的名义总司令和驻匈牙利的帝国代表。

哈布斯堡一家非常关切地观察到，年迈皇帝的心理日渐衰退。恩斯特于1595年去世后，马蒂亚斯成为大公中年龄最大的。从1599年起，马蒂亚斯徒劳地敦促没有孩子的皇帝安排他的继承权，因为他每次都被拒绝了。马蒂亚斯起初避免与皇帝争吵。但克莱斯主教敦促他在与鲁道夫的冲突中掌握指挥权。1600年11月，马提亚斯大公、马克西米利安三世和斐迪南在肖特温签署了一致反对皇帝的协议，1606年，他们宣布鲁道夫皇帝已经精神失常（4月25日的文件），并任命马蒂亚斯为家族首领，并开始驱逐鲁道夫。正是马蒂亚斯而不是皇帝促成了茨西瓦托罗克与奥斯曼的和平，1606年通过给予匈牙利的宗教自由结束了匈牙利的冲突，并保障了特兰西瓦尼亚人将来选举自己独立亲王的权利。

随着动荡在匈牙利重新出现，并蔓延到摩拉维亚和奥地利的部分地区，马蒂亚斯试图利用这一反对派与皇帝进行权力斗争。1608年，他加入了匈牙利的反叛议会。1608年4月，马蒂亚斯向布拉格进军，包围了这座城市。虽然无法完全赢得波希米亚的遗产，但他迫使鲁道夫谈判，并在1608年6月签署了和平条约。不出所料，这导致了权力的重新分配。鲁道夫占领了波希米亚、西里西亚和卢萨蒂亚，马蒂亚斯占领了匈牙利、奥地利和摩拉维亚。

然而，接管权力并没有按照惯例进行。马蒂亚斯，作为新君主，在他们正式向他致敬之前，并没有保证同伙的特权。他试图推翻命令，这导致了所谓的朝拜纠纷。由于奥地利和摩拉维亚的大多数庄园都是新教徒，他们的贵族随后成立了强大的霍纳联邦（Horner Bund），并仅在他们的宗教权利得到保障的情况下才表示敬意。霍纳联邦一直存在到三十年战争开始。

马蒂亚斯于1611年5月23日加冕为波希米亚国王，并在鲁道夫于1612年1月20日去世后当选为皇帝。1611年12月4日，他与堂妹蒂罗尔的安娜结婚，然而这对夫妇未能生育子女。据称，马蒂亚斯是奥地利一个名叫马蒂亚斯的私生子的父亲，母亲不详。

1612年以后，法院和行政机构逐渐从布拉格迁往维也纳。新皇帝对艺术的兴趣不如鲁道夫二世，大多数宫廷艺术家很快就对他的宫廷置之不理。然而，马蒂亚斯与画家卢卡斯·范·瓦尔肯伯奇保持着密切的关系。皇帝的妻子在维也纳建立了教堂和皇家墓穴以作为哈布斯堡家族未来的埋葬地点。据称，马蒂亚斯在今天的舍恩布伦宫地区发现了一处泉水。据说，从他的一句话“瞧，多么美丽的春天”（beautifuly=schön，spring=Brunn）中，它就成了这个地区和宫殿的同名词。

马提亚斯入主帝国后，他的王位被克莱斯所控制，他希望在神圣罗马帝国内的天主教和新教国家之间达成妥协，以加强统治。马蒂亚斯已经被迫向奥地利和摩拉维亚以及匈牙利的新教徒提供宗教让步，当时他与新教徒结盟反对鲁道夫。马蒂亚斯囚禁了克罗地亚、斯拉沃尼亚和达尔马提亚的总司令、将军格奥尔格·凯列维奇，自1602年以来，他一直在特兰西瓦尼亚担任男爵，但很快又让他重获自由。

马蒂亚斯的和解政策遭到了更加顽固的天主教哈布斯堡人的反对，特别是马蒂亚斯的兄弟马克西米利安大公，他希望确保斐迪南大公（后来的斐迪南二世皇帝）的继承权。新教波希米亚人担心他们的宗教自由，强烈反对所有天主教官员。这场争论在波希米亚新教起义中达到了顶点。这激起了马克西米利安监禁克莱尔和修改他的政策。然而，由于年老体弱，他无法阻止马克西米利安派系的接管。1619年3月20日，他因自然原因去世，享年62岁。斐迪南此时已经加冕为波希米亚国王（1617年）和匈牙利国王（1618年），又接替马蒂亚斯成为神圣罗马帝国皇帝。

由于维也纳的皇家墓穴尚未完工，安娜（1618年）和马蒂亚斯（1619年）被临时埋葬在圣玛丽亚修道院。直到1633年，他们才被转移到卡布钦教堂的皇家地下室。马蒂亚斯皇帝是41位接受“单独埋葬”的人之一，因为他们的尸体分布在哈布斯堡的所有三个传统维也纳墓地（皇家墓穴、赫兹格鲁夫特、公爵墓穴）