高原生态农业研究中心其前身可追溯至1971年由植物室所属遗传生理组成立的农业研究室。2002年，研究所进入中国科学院二期知识创新以后，为了适应科研工作的需要，在原农业研究室的基础上组建成立高原生态农业中心，为研究所三大研究主体机构之一。中心下设中国科学院平安生态农业试验站。

本中心有1个创新研究组，现有固定科研人员9人，包括研究员4人，副研究员4人，助理研究员1人。其中博士研究生导师2人，硕士研究生导师8人，1人入选中科院“百人计划”项目，7人入选中科院“西部之光”人才培养计划。中心固定科研人员有5人获得博士学位。

中心瞄准国家战略和地方经济发展需求，主要开展优质作物与牧草种质创造及新品种选育工作。研究领域涉及优良作物和牧草新品种选育、春小麦品质改良、抗逆分子生物学研究、转基因品种培育和高原生态农业重大理论问题研究等。

本中心曾主持和参加一系列国家和部委（科学院）的重要项目，正在主持或参加的项目有：国家科技攻关计划子项目2项，国家自然科学基金面上项目1项，中国科学院知识创新工程重要方向项目1项，知识创新工程重大项目1项，中科院“西部之光”人才培养计划项目2项，院地合作项目1项，地方科技攻关项目1项，到位总经费达1000万元。