高原生态学研究中心成立于1999年，是由原生态研究室、植物研究室和动物研究室合并而成。本中心现有固定人员37人，其中，中国科学院院士1人，研究员11人，副研究员15人，助研及技术支撑人员11人。本中心现引进“百人计划”3人，客座研究员7名。

学科设置包括青藏高原主要动、植物的适应与进化；高原生物的物种多样性形成机制；高寒草地生态系统的现代表生过程与系统稳定性；高寒草地生态系统可持续发展试验示范及区域可持续发展战略研究。为丰富高原生态学理论，实现区域人与自然的协调发展提供理论基础与技术支撑。

研究平台主要包括“青海海北高寒草地生态系统国家野外科学观测研究站”、“三江源草地生态系统观测研究站”和“青海省寒区恢复生态学重点实验室”。

2003年以来，生态中心以青藏高原典型、特有和特征性生物及其环境作为研究对象，围绕极端生境下生物物种的进化过程，适应性与抗逆性的遗传、繁殖及生理生态特征，生物与极端环境耦合关系等重大科学问题开展多学科的综合研究，部分成果达到国际先进水平。获国家自然科学二等奖1项、青海省科技进步一等奖2项。制定生态治理和高寒草甸牦牛放牧利用等技术规程7项。申请发明专利16项，发明专利授权7项。共计发表研究论文449篇，其中SCI收录期刊论文137篇；以2007的影响因子计算，IF＞2或者属于各研究领域公认的优秀专业杂志论文20篇.

自2002年以来，高原生态学研究中心先后承担了包括国家科技部、中国科学院、国家自然科学基金和地方政府项目多项。正在进行的项目有国家重点基础研究发展规划（973）项目专题2项；国家科技支撑项目3项，西部行动计划1项，国家自然科学基金面上项目29项，西部之光3项；国际合作项目10项以及其它省部级项目等共计105项，到位总经费5000多万元。