五年，迁荆州知府。久之，擢长沙兵备副使。楚郡之在湖北者，尽罹贼祸，势且及湖南，临、蓝、湖、湘间土寇蜂起。长沙止老弱卫卒五百，又遣二百戍攸县，城库雉堞尽圮。斗枢至，建飞楼四十，大修守具。临、蓝贼艘二百余，由衡、湘抵城下，相拒十余日乃却去，转攻袁州。遣都司陈上才蹑其后，贼亦解去。寻击杀乱贼刘高峰等，抚定余众。诏录其功。巡抚陈睿谟大征临、蓝寇，斗枢当南面，大小十余战，贼尽平。诏赉银币。
十四年六月进按察使，移守
郧阳。郧被寇且十载，属邑有六，居民不四千，数百里荆榛。
抚治王永祚以襄阳急，移师镇之。斗枢至甫六日，
张献忠自陕引而东。斗枢与知府徐启元遣游击
王光恩及弟光兴分扼之，战频捷，贼不敢犯。光恩者，均州降渠小秦王也。初与
张献忠、罗汝才辈为贼，献忠、汝才降而复叛，均州五营惧见讨自疑。又以献忠强，虑为所并，光恩敛众据要害以拒献忠。居久之，乃有稍稍飏去者，光恩亦去，已而复降。光恩善用其下，下亦乐为之用。斗枢察其诚，招入郡守。当是时，斗枢、启元善谋，光恩善战，郧城危而复全。
十五年冬，
李自成陷襄阳、均州，攻郧阳四日而去。明年春，复来攻，十余日不克，乃退屯杨溪。五月，斗枢召游击刘调元入城，旬日间杀贼三千余。自成将来攻，卒不克而去。乃令光恩复均州，调元下光化，躬率将士复谷城。将袭襄阳，闻
孙传庭败，旋师，均州复为贼有。
十七年正月，自成遣将
路应标等以三万人攻郧。斗枢遣人入均州，烧其蓄积，贼乏食而退。当是时，湖南、北十四郡皆陷，独郧在。自十五年冬抚治王永祚被逮，连命李乾德、郭景昌代之，路绝不能至，中朝谓郧已陷，不复设抚治。十六年夏，斗枢
上请兵疏，始知郧存，众议即任斗枢。而陈演与之有隙，乃擢启元
右佥都御史任之，加斗枢太仆少卿，路阻亦不能达。是年二月，朝议设汉中巡抚，兼督川北军务，擢斗枢右
副都御史以往，朝命亦不达。至三月始闻太仆之命，即以军事付启元。七月而北都变闻，并闻汉中之命，地已失，不可往。
福王立，移斗枢巡抚湖广，代
何腾蛟。复以道路不通，改用王骥，斗枢皆不闻也。国变后数年卒。启元、光恩亦皆以功名终。
清兵入关后，高斗枢隐居两年回到家乡。降清的宁波人
谢三宾曾逮捕名节之士百余人，高斗枢也在其中，但他始终一言不发，后来被诸义士捐金救出。晚年的高斗枢闭门索居，门庭萧然，生活贫困，于1670年病卒于家中。他的著作有《蚕瓮集》、《官宦漫记》、《三楚旧劳记》、《守郧纪略》、《存汉录》等。