北魏为了统一北方，巩固在中原的地位，以全民为兵。那时，由于沙门历来可以免除租税、徭役，所以锐志武功的太武帝就在太延四年（公元438年）下诏，凡是五十岁以下的沙门一律还俗服兵役。他听了宰相崔浩的劝谏，改信寇谦之的天师道，排斥佛教，并渐次发展为灭佛的行动。

崔浩出身于著名世家清河崔氏，博览经史，善于阴阳五行及术数之学，历仕道武帝、明元帝、太武帝三帝，官至司徒，经常参与军政机要，深受太武帝的信任；结识寇谦之之后，信奉道教，受其法术。寇谦之早年就热衷仙道，修持汉末张陵、张衡、张鲁创立传承的五斗米道，随方士入华山、嵩山学道修炼，自诩曾有太上老君授他天师之位及《云中音诵新科之诫》二十卷。在明元帝末年，寇谦之从嵩山入平城，结交崔浩，常通宵达旦听崔浩谈论古代治乱史，为之叹美。后来，寇谦之把儒家学说和佛教经律论及斋戒祭祀仪式吸收到道教中来，重新改造五斗米道，期使北魏帝王容易接纳。

太武帝始光初年，寇谦之献上道书，但当时朝野信奉者很少，崔浩于是上书劝谏太武帝，使太武帝因而信奉道教，并派人奉玉帛牲畜去祭嵩山。太武帝又在平城东南建立天师道场，自称太平真君，并亲受符箓，兴建静轮天宫，奉祀太平真君，改年号为太平真君，成了十足的道教徒。

同时，北魏境内寺庙与僧侣数量众多，不符合太武帝全民皆兵的理念，外加兵荒马乱，没有多余的钱养僧侣，以及僧侣的资产也很多，太武帝对这种现状很不满意。

太平真君六年(445年)九月，出身卢水胡的盖吴在杏城(今陕西黄陵县)发动起义，反对北魏统治，太武帝拓跋焘亲率大军讨伐。大军驻扎长安时，在一处寺庙中搜出大量兵器。拓跋焘盛怒之下诛杀全寺僧人，抄没寺庙财产。在抄没寺庙财产的过程中又发现寺庙里有州郡牧守以及富人所寄藏的财物巨量。在同样厌恶佛教的崔浩建言下，整个长安城的佛寺受到波及，经卷被焚烧、僧人被处死、佛像被毁坏。随后，拓跋焘颁布诏令，以九州天命正统的名义，将这场灭佛行动推向北魏全境。

太武帝下令上自王公，下至庶人，一概禁止私养沙门，并限期交出私匿的沙门，若有隐瞒，诛灭全门。

当时太子拓跋晃监国秉政，一向笃信佛法，再三上表，向太武帝劝阻，虽然都不被采纳，但也由于如此，废佛的诏书得以缓宣，而使远近的沙门闻讯逃匿获免，佛像、经论亦多得密藏；然而北魏境内的寺院塔庙却无一幸免于难，史称太武法难。废佛后不久，寇谦之病死，崔浩后来也因撰《魏史》，书中蔑视胡族而遭腰斩，其族人被诛者百余人。废佛后六年，太武帝驾崩，文成帝即位，下诏复兴佛教，佛教才又逐渐恢复发展。

在一定程度上减缓佛教过度发展给国家带来之不利，并获取一定的钱财补充国库。