黄土店站（Huangtudian Raliway Station），位于中国北京市昌平区，是中国铁路北京局集团有限公司通州车务段管辖的车站，建于1966年。是市郊铁路S2线、原市郊铁路S5线（怀柔－密云线）和规划市郊铁路S7线（东北环线）的起始站。

2016年11月起，市郊铁路S2线起始站从北京北站调整至黄土店站，北京北站其他列车调整至昌平北站发车。

黄土店站离北京站34公里，离包头站798公里，

客运：办理旅客乘降，不办理行李、包裹托运。

货运：办理整车、零担货物发到。

北京地铁里距离本站最近的地铁站是北京地铁8号线、北京地铁13号线霍营站，该站距离黄土店站最近的出入口是G4出入口。

注：8号线霍营站换乘黄土店站，直接至G4口出站即可。13号线霍营站换乘黄土店站，可先由A口出站，出站后右转至G3口，由该口进入车站地下通道再由G4口出站（通道属于非付费区，故不需要重新计费），可以更快到达黄土店站乘车。G4口出站后往右后方转弯即可直接进入黄土店站进站通道，通道全程设有雨棚，直接到达黄土店站站房。

2016年11月1日零时起，为配合京张高速铁路北京北至清河段引入北京铁路枢纽工程施工，北京市郊铁路S2线市内始发（终到）站由北京北站调整为黄土店站。

2017年12月31日，北京市郊铁路S5线（黄土店站至怀柔北站区间）正式开通运营。

2019年4月30日，北京市郊铁路S5线（黄土店站至古北口站区间）全线开通运营。

2019年12月30日，北京市郊铁路S5线的始发终到站从黄土店站调整至清河站。

2020年9月30日起，S5线（怀柔—密云线）的起始站调整至北京北站。

黄土店站位于北京市昌平区回龙观镇黄土店村西三旗街道，靠近地铁霍营站，可换乘地铁8、13号线。