《三皇本纪》，作者是唐朝的司马贞。由于《史记》没有关于“三皇”的记载，所以司马贞写了《三皇本纪》以补全《史记》，增补了伏羲、女娲、神农等诸位上古时期神话传说人物与部落首领的历史。但是现今出版的《史记》大部分都没有收录。

“三皇”的说法在司马贞之前已出现在《史记·秦始皇本纪》中。臣等谨与博士议曰：“古有天皇，有地皇，有泰皇，泰皇最贵。”——司马迁，《史记·秦始皇本纪》李斯等人后来建议秦始皇称“皇帝”，认为泰皇最贵。因为嬴政既不是天，也不是地，是个人。另外由于《史记》并没有“三皇”的确切记载，唐朝的司马贞补写了《史记·三皇本纪》。在此书中不仅论述了三皇，同时也涉及到了五氏的部分内容。三皇谓天皇、地皇、人皇为三皇。既是开辟之初，君臣之始。——司马贞，《史记·三皇本纪》。关于天皇氏的名讳：粤有天皇，是曰天灵，望获强尊。——罗泌，《路史·前纪二·天皇纪》。还有《帝王世纪》，也对此有描述。天地开辟，有天皇氏、地皇氏、人皇氏。——皇甫谧，《帝王世纪》。《三皇本纪》：天地初立，有天皇氏，木德王，岁起摄提；地皇，火德王，兴于熊耳、龙门等山；人皇，乘云车，驾六羽，出谷口，兄弟九人，分长九州，各立城邑。

中华文明自古就有三皇五帝之说。三皇是天皇、地皇、人皇，三个称号的总称，一般指伏羲、神农和黄帝，但其实三皇的称号并不是他们独创的。《史记·秦始皇本纪》中李斯说：“古有天皇、地皇、泰皇。”实际上三皇的称号由来已久，伏羲等人只是继承了远古三皇的称号而已。而最早的天皇时代距今已有大约三百多万年，最晚的泰皇（也就是人皇）距今也有大约三十万年。据司马贞的《补史记·三皇本纪》记载：“天地初立，有天皇氏十二头......地皇氏十一头......人皇氏九头......。”

序：小司马氏云：太史公作史记，古今君臣宜应上自开辟，下讫当代，以为一家之首尾。今阙三皇而以五帝为首者，正以大戴礼有五帝德篇，又帝系皆叙自黄帝已下，故因以五帝本纪为首。其实三皇已还，载籍罕备。然君臣之始，教化之先，既论古史，不合全阙。近代皇甫谧作帝王代纪，徐整作三五历，皆论三皇以来事，斯亦近古之一证。今并采而集之，作三皇本纪。虽复浅近，聊补阙云。

太皞庖犧氏，风姓。代燧人氏，继天而王。母曰华胥，履大人迹于雷泽，而生庖犧于成纪。蛇身人首，〔一〕有圣德。仰则观象于天，俯则观法于地，旁观鸟兽之文，与地之宜，近取诸身，远取诸物，始画八卦，以通神明之德，以类万物之情。造书契以代结绳之政。于是始制嫁娶，以俪皮为礼。〔二〕结网罟以教佃渔，故曰宓犧氏。〔三〕养犧牲以庖厨，故曰庖犧。有龙瑞，以龙纪官，号曰龙师。作三十五弦之瑟。木德王。注春令。故易称「帝出于震」，月令孟春「其帝太皞」是也。〔四〕都于陈。东封太山。立一百一十一年崩。〔五〕其后裔，当春秋时，有任、宿、须勾、颛臾，皆风姓之胤也。

〔一〕【索隐】按伏犧风姓，出国语。其华胥已下，出帝王世纪。然雷泽，泽名，即舜所渔之地，在济阴。其成纪，亦地名。按天水有成纪县。

〔二〕【索隐】按谯周古史考，伏犧制嫁娶，以俪皮为礼也。

〔三〕【索隐】按事出汉书历志。宓，音伏。

〔四〕【索隐】按位在东方，象日之明，故称太皞。皞，明也。

〔五〕【索隐】按皇甫谧，伏犧葬南郡，或曰冢在山阳高平之西也。

女娲氏，亦风姓。蛇身人首，有神圣之德。代宓犧立，号曰女希氏。无革造，惟作笙簧，〔一〕故易不载，不承五运。一曰女娲亦木德王。盖宓犧之后，已经数世，金木轮环，周而复始。特举女娲，以其功高而充三皇，故频木王也。当其末年也，诸侯有共工氏，任智刑以强，霸而不王，以水承木。乃与祝融战，不胜而怒，乃头触不周山，崩，天柱折，地维缺。女娲乃炼五色石以补天，断鳌足以立四极，聚芦灰以止滔水，以济冀州。〔二〕天是地平天成，不改旧物。女娲氏没，神农氏作。〔三〕

〔一〕【索隐】按礼明堂位及系本，皆云女娲作笙簧。

〔二〕【索隐】按其事出淮南子也。

〔三〕【索隐】按三皇说者不同，谯周以燧人为皇，宋均以祝融为皇，而郑玄依春秋纬，以女娲为皇，承伏犧，皇甫谧亦同，今依之。

炎帝神农氏，姜姓。母曰女登，有蟜氏之女，为少典妃。感神龙而生炎帝，人身牛首，长于姜水，因以为姓。〔一〕火德王，故曰炎帝，以火名官。斲木为耜，揉木为耒，耒耨之用，以教万人。始教耕，故号神农氏。于是作蜡祭。以赭鞭鞭草木，始尝百草，始有医药。又作五弦之瑟。教人日中为市，交易而退，各得其所。遂重八卦为六十四爻。初都陈，后居曲阜。〔二〕立一百二十年崩，葬长沙。神农本起列山，故左氏称「列山氏之子曰柱」。亦曰厉山氏，礼曰「厉山氏之有天下」是也。〔三〕

〔一〕【索隐】按国语，炎帝、黄帝皆少典之子，其母又皆有蟜氏之女。据诸子及古史考，炎帝之后，凡八代，五百馀年，轩辕氏代之。岂炎帝、黄帝同是昆弟而同母氏也。皇甫谧以为少典氏、有蟜氏诸侯国号，然则姜、姬二帝同出少典氏，黄帝之母又是神农母氏之后代女，所以同是有蟜氏之女也。

〔二〕【索隐】按今淮阳有神农井。又左传「鲁有大庭氏之库」是也。

〔三〕【索隐】按郑玄云厉山神农所起，亦曰有列。皇甫谧曰厉山今随之厉乡也。

神农纳奔水氏之女曰听詙为妃，生帝魋。魋生帝承，承生帝明，明生帝直，直生帝氂，氂生帝哀，哀生帝克，克生帝榆罔。凡八代，五百三十年，而轩辕氏兴焉。〔一〕其后有州、甫、甘、许、戏、露、齐、纪、怡、向、申、吕，皆姜姓之后，并为诸侯，或分掌四岳。当周室，甫侯、申伯为王贤相。齐、许列为诸侯，霸于中国。盖圣人德泽广大，故其祚胤繁昌久长云。

〔一〕【索隐】按神农之后凡八代，事见帝王代纪及古史考。然古典亡矣，况谯皇二氏，皆前氏传前闻君子，考按古书而为此说，岂至今鑿空乎。此纪亦据以为说。其易称「神农氏没」，即榆罔，榆罔犹袭神农之号也。

一说三皇：天皇、地皇、人皇为三皇。既是开辟之初，君臣之始，图纬所载，不可全弃，故兼序之。

天地初立，有天皇氏十二头。澹泊无所施为，而俗自化。木德王，岁起摄提。兄弟十二人，立各一万八千岁。〔一〕地皇十一头。火德王。姓十一人，兴于熊耳、龙门等山，亦各万八千岁。人皇九头，乘云车，驾六羽，出谷口。兄弟九人，分长九州，各立城邑。凡一百五十世，合四万五千六百年。〔二〕

〔一〕【索隐】盖天地初立，神人首出行化，故其年世长久也。然言十二头者，非谓一人之身有十二头，盖古质，比之鸟兽头数故也。

〔二〕【索隐】天皇已下，皆出河图及三五历也。

自人皇以后，有五龙氏、〔一〕燧人氏、〔二〕大庭氏、栢皇氏、中央氏、卷须氏、栗陆氏、骊连氏、赫胥氏、尊卢氏、浑沌氏、昊英氏、有巢氏、朱襄氏、葛天氏、阴康氏、无怀氏，斯盖三皇以来有天下者之号。〔三〕但载籍不纪，莫知姓王年代、所都之处。而韩诗以为自古封太山禅梁甫者，万有馀家，仲尼观之，不能尽识。管子亦曰「古封太山七十二家。夷吾所识十有二焉」，首有无怀氏。然则无怀之前，天皇以后，年纪悠邈，皇王何昇而告。但古书亡矣，不可备论，岂得谓无帝王耶？故春秋纬称自开辟至于获麟，凡三百二十七万六千岁，分为十纪，凡世七万六百年。一曰九头纪，二曰五龙纪，三曰摄提纪，四曰合雒纪，五曰连通纪，六曰序命纪，七曰修飞纪，八曰因提纪，九曰禅通纪，十曰流讫纪。盖流讫当黄帝时，制九纪之间。是以录于此，补纪之也。

〔一〕【索隐】五龙氏，兄弟五人，并乘龙上下，故曰五龙氏也。

〔二〕【索隐】按其君钻燧出火，教人熟食，在伏犧氏前，谯周以为三皇之首也。

〔三〕【索隐】按皇甫谧以为大庭以下一十五君，皆袭庖犧之号。事不经见，难可依从。然按古封太山者，首有无怀氏，乃在太昊之前，岂得如谧所说。

司马贞：生卒年不详。于开元年间写成《史记索隐》三十卷，与裴骃的《史记集解》，张守节的《史记正义》合成“史记三家注”。自称“小司马”。在《史记索隐序》中的署名为“朝散大夫国子博士弘文馆学士河内司马贞”，可见司马贞官至朝散大夫国子博士弘文馆学士，并且是唐河内（今沁阳）人。《史记索隐》音义并重，注文翔实，对疏误缺略补正颇多，具有极高的史学研究价值。