三别抄之乱指的是1270年至1273年期间高丽武臣政权的余党三别抄军抗击蒙古帝国和已经降伏的高丽朝廷的战争。这是高丽蒙古战争的尾声。1274年，蒙古完全控制了济州岛。

自1231年起，高丽间断性地遭到蒙古人的侵略。这段时期里，高丽由崔氏家族实施军事统治。1232年，高丽武人政权掌权者崔瑀将傀儡国王和朝廷迁到了江华岛以避开蒙古骑兵的兵锋，继续抗击蒙古的侵略。然而由于当时高丽朝廷对地方统治的薄弱，不少叛军投靠了蒙古人，1258年，蒙古人在高丽北部设置了双城总管府和东宁府。

与这些叛军不同的是，三别抄军始终坚持其反蒙古政策，这是由于该军队是由主战派掌权者崔瑀一手缔造的私兵，因此绝对地效忠于崔瑀。

1258年，将军金仁俊（金俊）率领杀害崔氏政权首领崔竩，崔氏政权覆灭后，高丽开始执行亲近蒙古的政策，将王子王倎送到了蒙古。王倎被忽必烈扶植即位，是为高丽元宗；元宗又同王世子王賰前往蒙古以获取支持。

1268年，林衍率三别抄军杀死了金俊。次年林衍试图废黜元宗，但在蒙古的压力下让元宗复位。1270年最后一任武人政权的掌权者林惟茂被三别抄军杀害。长达100余年的武人时代终于结束，权力回到了高丽国王的手里，但是此时高丽朝廷已经成为了蒙古帝国的附庸。

根据蒙古朝廷的命令，高丽元宗将首都从江华岛迁回了开城。在蒙古朝廷的授意下，高丽元宗决定解散三别抄军。这项所谓的和平条件引起了三别抄军怨恨，在裴仲孙的率领下，三别抄军起兵叛乱，抗击高丽朝廷和其宗主国蒙古帝国。他们有组织地封锁了江华岛和大陆间的水路，并占据了附近岛屿和沿岸地区当作根据地。三别抄军拥立王族承化侯王温为国王，建立了一个海运王国以抗拒蒙古。后来放弃了江华岛，逃往西南的岛屿珍岛。虽然三别抄军袭击了高丽西南部的全罗道，但1271年1月珍岛的粮食却开始紧缺。2月蒙古朝廷诏谕三别抄军降伏。裴仲孙请求让蒙古军先退兵，然后奉土投降，但被忽必烈拒绝。

在这个时期，三别抄军试图寻求日本镰仓幕府的支持。他们在一定程度上恢复了一定实力，数度洗劫高丽的沿岸。

4月，蒙古朝廷决定剿灭叛军。忻都率领的蒙古军和金方庆率领的高丽官军仅仅用了一个月就攻下了珍岛。承化侯王温和裴仲孙被擒杀，余众由金通精率领，逃往济州岛。蒙古、高丽联军自1272年2月起开始进攻，4月镇压了叛军。1274年，蒙古完全控制了济州岛。