上海市环境科学研究院成立于1979年，是从事环境科学研究和科技服务的公益性事业单位，隶属于上海市生态环境局（上海市环境保护局）。

上海市环境科学研究院成立于1979年，是上海市环境保护局直属事业单位。经过30多年的建设，已发展成为集环境科学、环境规划、环境生态、环境评价、环境污染控制技术与工程设计、工程实施于一体的综合性研发机构。

与东华大学、华东理工大学等高校联合培养研究生；2013年经全国博士后管理委员会批准，与上海交通大学联合建立博士后科研工作站。

2013年、2014年，相继获环保部批复建设“国家环境保护城市土壤污染控制与修复工程技术中心”和“国家环境保护城市大气复合污染成因与防治重点实验室”；2014年，“上海城市环境噪声控制工程研究中心”也获得上海市科委批准立项建设。

2022年10月12日，当选为上海市环境保护产业协会土壤污染防治专委会副主任单位。

截至2014年底，全院现有职工400余人，其中90%以上是专业技术人员，高级职称以上人员有120余人；有博士学位人员43人，硕士学位人员140人；有上海市领军人才2人，享受国务院特殊津贴专家3人，国家环境保护专业技术青年拔尖人才1人。

该院坚持“科技让环境更美好”的核心价值观，将环境问题研究与环境治理技术研发作为该院的重点发展方向，主要研究领域包括水环境、大气环境、声环境、土壤环境、自然生态、农村环保、低碳经济、健康毒理、规划标准、清洁生产等。拥有环境影响评价（甲级）、环境工程设计与承包、环境管理体系认证、环保产品质量检验、环境检测实验室认可和计量认证等10余项资质证书；主办的《上海环境科学》、《环境科技动态》等两本学术刊物，在国内环保界享有较高声誉；与美国、日本、澳大利亚、荷兰等国家相关科研机构开展了广泛的学术交流和合作科研。

该院按照“科创为本、双轮驱动、跟踪前沿”的发展理念，面向国家环保科技需求和生态上海任务布局，做了大量卓有成效的工作。近10年，先后承担完成了500余项国家级和省部级重要科研项目及环境标准、技术规范（指南）、区域战略环评、环保规划等的研究编制，完成了百余项污染治理与环境修复工程技术咨询与服务项目。

2022年8月，由上海市环境科学研究院等25家单位编制的《挥发性有机物治理设施运行维护与安全管理技术规程》发布。

获得国家级、省部级科技成果奖励26项，其中国家科学技术进步二等奖1项，环境保护科学技术一等奖2项，上海市科技进步一等奖2项，上海市决策咨询成果一等奖2项。

2006年被人事部、环保总局授予“全国环境保护系统先进集体”称号。

2012年被环保部授予“十一五国家环境保护科技工作先进集体”称号；连续8届（16年）被上海市委、市政府命名为上海市文明单位。

2020年8月，被授予“上海市科普工作先进集体”称号。