中华人民共和国特别行政区是根据《中华人民共和国宪法》规定设立的省级行政区，与省、自治区、直辖市同属直辖于中央人民政府的地方行政区域。中华人民共和国中央人民政府于1997年设立了香港特别行政区，1999年又设立了澳门特别行政区。

中华人民共和国特别行政区是为了“一国两制”的实施，根据《中华人民共和国宪法》的相关规定设立的行政区域。《中华人民共和国宪法》第三十一条规定：“国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。”特别行政区与省、自治区、直辖市同属直辖于中央人民政府的地方行政区域。

中华人民共和国特别行政区不是经济特区，它的真正内涵是特定地针对中国尚未完成祖国统一大业，为和平解决台湾、香港、澳门问题所采取的特别措施在具体政策措施上，在体现宪法原则性的基础上，按照中国中央和地方关系的“因事因地制宜的原则”，有很大的灵活性，充分照顾到台湾、香港、澳门的历史和现实情况以及那里的人们和各方面人士的意愿。特别行政区享有高度的自治权，包括原有的社会经济制度和生活方式不变等。这也体现了宪法的原则性和灵活性的高度统一。

特别行政区设立的理论依据是“一国两制”的理论。“一国两制”的方针就是中国宪法关于设立特别行政区的指导方针，是邓小平中国特色社会主义理论体系的重要内容之一。所谓“一国两制”，就是在统一的社会主义国家内，在中央的统一领导下，经过最高国家权力机关决定，可以容许局部地区由于历史的原因而不实行社会主义的政策，依法保存不同于全国现行制度的特殊制度。特别行政区所指向的“实行特别的政治经济制度”，正是体现着“一国两制”的真实内涵。应该说“特别行政区”是以“一国两制”为内容和基础，又是“一国两制”的具体表现形式。同时，设立特别行政区是坚持辩证唯物主义和历史唯物主义，是马克思列宁主义关于国家主权学说和国家地方制度的理论同中国具体实践的结合和创造性的运用。

中华人民共和国特别行政区是指在中国版图内，根据中国宪法和法律的规定所设立的具有特殊的法律地位、实行不同于一般行政区域的政治经济制度的地方行政区域。

中华人民共和国特别行政区最大特点是享有高度自治权，直接受中央人民政府的领导。

1990年4月4日，七届全国人大三次会议审议通过了《香港特别行政区基本法》。1993年3月31日，八届全国人大一次会议又通过了《澳门特别行政区基本法》。基本法明确规定了维护国家主权、统一和领土完整的原则：

（1）特别行政区是中华人民共和国不可分割的部分，是一个直辖于中央人民政府的地方行政区域；由全国人民代表大会授权特别行政区实行高度自治；

（2）特别行政区法院对国防、外交等国家行为无管辖权；

（3）特别行政区行政长官和行政机关的主要官员，由当地永久性居民中在外国无居留权的中国公民担任，并且由中央人民政府任命；

（4）特别行政区立法机关制定的法律均不得同基本法相抵触，全国人民代表大会有权制定和修改基本法，全国人大常委会有权对其进行解释。

中央人民政府对香港、澳门特别行政区行使下列职权：

（1）中央人民政府负责管理与特别行政区有关的外交事务和防务；

（2）中央人民政府任命特别行政区行政长官和行政机关的主要官员；

（3）全国人大常委会有权决定特别行政区进入紧急状态；

（4）全国人大常委会享有对特别行政区基本法的解释权。

香港和澳门特别行政区的自治权主要表现在以下几方面：

（1）特别行政区享有独立的立法权、司法权、行政管理权；

（2）税收制度独立，有独立关税地区；

（3）自行发行货币；

（4）自行处理对外事务，可以“中国香港”或“中国澳门”的名义单独地同各国、各地区及有关国际组织发展经济、文化关系；

（5）独立制定有关竞技、教育、文化等方面的政策。