中南大学湘雅二医院始建于1958年，是中南大学的附属医院、国家卫生健康委预算管理医院，素有南湘雅美誉，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的三级甲等综合医院。在复旦大学中国医院排行榜中，综合实力最佳排名全国第13位；在三级公立医院绩效考核中，最佳排名全国21名（A+医院）。荣获全国抗击新冠肺炎疫情先进集体、全国卫生系统先进集体、全国五一劳动奖状、工人先锋号、模范职工之家、全国文化科技卫生三下乡先进集体等荣誉。

中南大学湘雅二医院脱胎于1906年美国雅礼协会在中国创办最早的西医院之一的雅礼医院，始建于1958年。

1958年8月1日，医院举行开院典礼。

1987年，改名为湖南医科大学附属第二医院，1992年被评定为国家三级甲等综合医院。2000年，改名为中南大学湘雅二医院。

2021年2月15日，中南大学湘雅二医院门急诊医技楼项目正式开工。

2022年5月29日，中南大学湘雅二医院门急诊医技楼主体结构顺利封顶。

2022年7月29日，国家卫生健康委发布关于设置国家精神疾病医学中心的通知，正式决定在湖南省以中南大学湘雅二医院为主体设置国家精神疾病医学中心。

2022年12月17日，中南大学湘雅二医院桂林医院揭牌仪式在临桂院区举行。这是广西首个获批建设的国家区域医疗中心。

2023年9月，成为中国儿童精神卫生精英教学医院联盟成员。

2024年1月，国家卫生健康委批复中南大学湘雅二医院国家紧急医学救援基地建设工程项目建议书（国卫规划函〔2024〕2号）。

2024年7月13日，中南大学湘雅二医院惰性淋巴瘤中心正式揭幕成立。

医院拥有国家精神疾病医学中心（湖南省唯一国家医学中心）、国家重大疾病研究中心2个（全国首家同时拥有两个中心），拥有国家临床重点专科建设项目36个、教育部重点学科6个，是全国七家同时拥有全部6项器官移植资格的医院之一、全国4支国家紧急医学救援队之一，国家输出型区域医疗中心、委省共建国家综合、心血管、创伤、传染病区域医疗中心。精神病学科、代谢内分泌科、心血管外科、皮肤性病科、老年医学科、肾内科、临床药学、器官移植等专科居全国前列。

医院占地面积260余亩（其中医疗用地156亩）、业务用房面积39.6万平方米，编制床位3630张，拥有42个临床科室、9个医技科室；现有在职职工5301人，其中副高及以上专家923人，国家级高层次人才23人，国家卫生健康委有突出贡献中青年专家8人，享受国务院特殊津贴专家56人，国际学术机构任职39人次，国际学术期刊任职53人次。

医院拥有一级学科博士学位授权点4个、博士专业学位授权点3个，现有博士生导师151人，硕士生导师473人；拥有国家实验教学示范中心（首批）和国家临床教学培训示范中心（首批，国内首家同时通过SSH双认证）；拥有国家级住培重点专业基地2个；拥有国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业建设点各1个，国家级优秀教学团队1个，国家级教学名师/全国优秀教师3人，国家级一流本科课程、国家虚拟仿真金课、国家精品课程、国家精品资源共享课及国家精品视频公开课10门；近十年参与获得国家级教学成果一等奖、二等奖各1项；获得全国优博论文2篇；获得77、78、79年级全国统考三连冠、全国高校大学生临床技能竞赛特等奖6次。

医院拥有国家医学中心1个、国家临床医学研究中心2个、国家地方联合实验室1个、省部级科研平台64个；牵头获得国家科技进步奖11项；近5年承担国家级项目（课题）380项，其中国家重点研发计划项目（课题）8项，国家科技重大专项课题1项，国家科技创新重大项目2项，纵向项目超百万的23项、超过千万的项目2项。连续五年入选湖南省十大科技新闻；在复旦大学中国医院排行榜中，6个专科进入全国前十；在中国医学科学院发布的全国医院科技量值排行榜中，7个学科进入全国前十。

预防保健科(健康体检) //全科医疗科 //内科 | 呼吸内科专业 | 消化内科专业 | 神经内科专业 | 心血管内科专业(心血管疾病介入诊疗技术，冠状动脉旁路移植术) | 血液内科专业(造血干细胞治疗技术－脐带血干细胞除外) | 肾病学专业(血液透析) | 内分泌专业 | 免疫学专业 | 变态反应专业 | 老年病专业 | 其他(涉外医疗科，临床营养科) //外科(组织工程化组织移植治疗技术) | 普通外科专业 | 肝脏移植项目 | 胰腺移植项目 | 小肠移植项目 | 神经外科专业(神经血管介入诊疗技术) | 骨科专业(人工关节置换术) | 泌尿外科专业 | 肾脏移植项目 | 胸外科专业 | 肺脏移植项目 | 心脏大血管外科专业(外周血管介入诊疗技术) | 心脏移植项目 | 烧伤科专业 | 整形外科专业 //妇产科(妇科内镜－含四级) | 妇科专业 | 产科专业(产前诊断技术) | 生殖健康与不孕症专业 | 其他(医学遗传科) //儿科 | 新生儿专业 //小儿外科 | 小儿普通外科专业 | 小儿胸心外科专业 //儿童保健科 //眼科(角膜移植) //耳鼻咽喉科 //口腔科 //皮肤科 | 皮肤病专业 | 性传播疾病专业 //医疗美容科 | 美容外科 | 美容皮肤科 //精神科 | 精神病专业 | 精神卫生专业 | 药物依赖专业 | 临床心理专业 | 司法精神专业 //传染科 | 其他(感染管理科) //肿瘤科(三维适行及调强放疗技术，肿瘤消融治疗技术，放射性粒子植入治疗技术，肿瘤深部热疗和全身热疗技术) //急诊医学科 //康复医学科(芙蓉南路178号) //麻醉科 //疼痛科 //重症医学科 //医学检验科(临床基因扩增检验技术) | 临床体液、血液专业 | 临床微生物学专业 | 临床化学检验专业 | 临床免疫、血清学专业 | 临床细胞分子遗传学专业 //病理科 //医学影像科 | X线诊断专业 | CT诊断专业 | 磁共振成像诊断专业 | 核医学专业 | 超声诊断专业 | 心电诊断专业 | 脑电及脑血流图诊断专业 | 神经肌肉电图专业 | 介入放射学专业 | 放射治疗专业(综合介入诊疗技术) //中医科 //中西医结合科

2020年9月8日，该集体获得中共中央、国务院、中央军委授予的全国抗击新冠肺炎疫情先进集体的荣誉称号。

2021年3月1日，入选全国巾帼建功先进集体名单。

主院区：湖南省长沙市芙蓉区人民中路139号。

长株潭分院：湖南省长沙市天心区西塘冲路。

2024年8月，国家医保局曝光全国多家医院给男性患者做妇科类诊疗，属于医疗机构串换项目骗医保。其中包含湖南省益阳市南县人民医院为男性做妇科类诊疗结算79次。