中国人民武装警察部队新疆维吾尔自治区总队（Xinjiang Uygur Autonomous Region corps of the Chinese people's Armed Police Force），简称“武警新疆总队”，由党中央、中央军委集中统一领导，实行中央军委-武警部队-部队领导指挥体制。

2017年12月，中共中央印发《中共中央关于调整中国人民武装警察部队领导指挥体制的决定》：自2018年1月1日零时起，武警部队由党中央、中央军委集中统一领导，实行中央军委-武警部队-部队领导指挥体制。

《决定》明确：武警部队归中央军委建制，不再列国务院序列。武警部队建设，按照中央军委规定的建制关系组织领导。中央和国家机关有关部门、地方各级党委和政府与武警部队各级相应建立任务需求和工作协调机制。

《中华人民共和国国防法》第二十八条明确：中国人民武装警察部队旗、徽是中国人民武装警察部队的象征和标志。

2018年1月10日，中央军委向武警部队授旗仪式在北京八一大楼举行。

寓意：武警部队旗上半部保持八一军旗样式，寓意武警部队诞生于人民军队的摇篮，传承着红色基因，表示武警部队是党领导的人民武装力量的组成部分。下半部镶嵌三个深橄榄绿条，代表武警部队担负维护国家政治安全和社会稳定、海上维权执法、防卫作战三类主要任务及力量构成。

经中央军委批准，武警部队徽于2021年8月1日启用。

寓意：武警部队徽中心图案以国徽为主体，代表武警部队是中华人民共和国武装力量的重要组成部分；以武警部队旗为背景，体现旗徽一致，代表武警部队由党中央、中央军事委员会集中统一领导；盾牌、长城象征武警部队有效履行新时代使命任务；环绕的橄榄枝象征和平安定。

中国人民武装警察部队新疆维吾尔自治区总队司令员：周建国

长期以来，广大官兵时刻牢记习主席“当好维护新疆稳定压舱石”的政治嘱托，把稳疆兴疆作为义不容辞的使命责任，为维护边疆社会稳定和民族团结、促进新疆经济社会发展做出重要贡献，先后有121名官兵壮烈牺牲，17个集体、14名个人获得荣誉称号，107个集体、473名个人荣立一、二等功，16人荣膺“中国武警十大忠诚卫士”，涌现出“八一勋章”获得者王刚、“献身使命的忠诚卫士”万金刚、“当代雷锋”庄仕华，以及“全军践行强军目标标兵单位”“反恐先锋中队”——机动五支队特战一中队等一大批先进典型。

面对编制体制重构重塑后部队新的发展形势，总队党委始终牢记习主席嘱托，及时审时度势，全面加强部队建设，牢固夯实部队基础。机动五支队特战一中队官兵苦练反恐制胜本领，近年来又成功处置了10余起暴恐事件，打赢了一场场反恐维稳硬仗，连续5年被评为先进中队，2次荣立集体三等功，2015年被总队表彰为“基层建设标兵中队”，2016年被武警部队授予“反恐先锋中队”荣誉称号，28名官兵分别荣立一、二、三等功。